Το ιερό του Μέσσου βρίσκεται στην ομώνυμη κοιλάδα, 35 χλμ. από την Μυτιλήνη, 5 χλμ. από την αρχαία Πύρρα και 7,5 χλμ. από την αρχαία Αρίσβη. Το όνομά του οφείλεται στη θέση του στο μέσο του νησιου. Η πρώτη αναφορά στο ιερό έγινε από το Γάλλο περιηγητή M. Boutan ενώ ο Γερμανός R. Koldewey διενήργησε τις πρώτες ανασκαφές τον Δεκέμβριο του 1885 και τον Ιανουάριο του 1886.

Οι επόμενες ανασκαφές έγιναν στο διάστημα 1965-67 από τον τότε Έφορο Β΄ Πετράκο, ενώ πραγματοποιήθηκε και περισυλλογή των διάσπαρτων στον χώρο του ιερού και στον ευρύτερο χώρο του κόλπου της Καλλονής αρχιτεκτονικών του μελών. Δοκιμαστικές τομές διενεργήθηκαν από την Κ΄ ΕΠΚΑ το 1988 και επαναλήφθηκαν κατά το 1995-7.

Οι εργασίες ανάδειξης του χώρου από την Κ΄ ΕΠΚΑ ξεκίνησαν το 2002, στα πλαίσια του Γ΄ ΚΠΣ και ολοκληρώθηκαν το 2004.