Στη βόρεια είσοδο του κόλπου της Ελούντας, σε θέση κλειδί για τον έλεγχο του φυσικού λιμανιού της, βρίσκεται η νησίδα της Σπιναλόγκας, με έκταση 85 στρέμματα και 53 μ. υψόμετρο. Το νησί οχυρώθηκε κατά την αρχαιότητα, το πιθανότερο κατά την ελληνιστική περίοδο, με μεγάλο οχυρωματικό περίβολο. Πάνω στα ερείπια αρχαίου κάστρου οι Βενετοί οικοδόμησαν ισχυρό φρούριο, που σχεδιάστηκε σύμφωνα με την οχυρωματική πρακτική του προμαχωνικού συστήματος από τον Genese Bressani και τον Latino Orsini.

H πρώτη φάση οικοδόμησης του φρουρίου διήρκεσε από το 1579 και έως το 1586. Επισκευές και μετατροπές στο φρούριο έγιναν πριν και κατά τη διάρκεια του Κρητικού πολέμου (1645-1669). Κατά την περίοδο της Ενετοκρατίας το φρούριο χρησιμοποιήθηκε για στρατιωτικούς σκοπούς. Τα κτίσματα που υπήρχαν στο εσωτερικό του κάλυπταν τις ανάγκες εγκατάστασης της φρουράς.Την περίοδο του κρητικού πολέμου (1645-1669) κατέφυγαν στη Σπιναλόγκα πρόσφυγες και επαναστάτες (χαΐνηδες), που έχοντας σαν βάση τη νησίδα παρενοχλούν τους Τούρκους. Η δράση τους διήρκεσε όσο οι Ενετοί κατείχαν το φρούριο αφού με την συνθήκη παράδοσης του Χάνδακα το 1669 η Σπιναλόγκα παρέμεινε στην κυριότητα της Βενετίας.

Μετά την κατάληψη του νησιού από τους Τούρκους το 1715 στη Σπιναλόγκα διαμορφώνεται σταδιακά ένας οικισμός αμιγώς οθωμανικός. Κατά τους πρώτους αιώνες της τουρκοκρατίας το φρούριο περιθωριοποιείται και χρησιμοποιείται ως τόπος εξορίας και απομόνωσης. Όμως κατά το τέλος του 19ου αι. τα δεδομένα αλλάζουν. Ο ρόλος του λιμανιού της Σπιναλόγκας αναβαθμίζεται καθώς αποκτά άδεια εξαγωγικού εμπορίου. Κατά τα μέσα του 19ου αι. στη νησίδα συγκεντρώνεται μεγάλος αριθμός κατοίκων, στην πλειονότητά τους έμποροι και ναυτικοί, που επωφελούμενοι από την ασφάλεια του οχυρωμένου οικισμού εκμεταλλεύονται τους εμπορικούς δρόμους της Ανατολικής Μεσογείου.

Η ζωή αυτού του οικισμού διακόπηκε απότομα λόγω των πολιτικών εξελίξεων που διαδραματίστηκαν στην Κρήτη κατά τα τελευταία έτη του 19ου αι. Η ανασφάλεια που επικράτησε ανάμεσα στους Οθωμανούς της Κρήτης λόγω της επαναστατικής δράσης των χριστιανών ανάγκασε την πλειονότητα των κατοίκων της Σπιναλόγκας σε μετανάστευση. Από το 1897 στο νησί και για ένα έτος περίπου στη Σπιναλόγκα εγκαταστάθηκαν Γαλλικές στρατιωτικές δυνάμεις.

Η Κρητική Πολιτεία το 1903 θέσπισε την απομόνωση των λεπρών και αποφάσισε τη δημιουργία Λεπροκομείου στη Σπιναλόγκα προκειμένου να υπάρχει η δυνατότητα μίας συντονισμένης βοήθειας στους πάσχοντες από τη νόσο του Χάνσεν. Η δύσκολη ζωή των αρρώστων, που διέμειναν στο νησί έως το 1957, σηματοδότησε τον χώρο και το φόρτισε συναισθηματικά καθιστώντας το τόπο μαρτυρίου και ιστορικής μνήμης.