Τα σημαντικότερα μνημεία και αρχιτεκτονικά σύνολα της περιοχής είναι:

Στη βορειοανατολική άκρη του Κουφονησιού, απέναντι από το νησάκι Μάρμαρα και σε μικρή απόσταση από την παραλία, οι ανασκαφές έφεραν στο φως ένα καλά διατηρημένο λίθινο θέατρο, του οποίου το κοίλο περιλάμβανε δώδεκα σειρές εδωλίων και υπολογίζεται ότι θα χωρούσε περίπου χίλια άτομα. Μέρος του κοίλου και των εδωλίων δεν σώζονται πλέον σήμερα. Η ορχήστρα, σχεδόν ημικυκλική, ήταν επενδυμένη με πήλινες πλάκες. Το σκηνικό οικοδόμημα (διαστάσεων 20Χ19μ.) έχει καταστραφεί στο δυτικό του μέρος, σώζονται όμως το ανατολικό, το παρασκήνιο, το λογείο το υποσκήνιο καθώς και η ανατολική πάροδος που κάποτε ήταν στεγασμένη με θόλο. Φαίνεται πως ο φανατισμός κάποιων Χριστιανών του 4ου μ.Χ. αιώνα ώθησε στην άγρια λεηλάτηση και καταστροφή του θεάτρου.

Το δεύτερο σημαντικό οικοδόμημα του οικισμού του νησιού ήταν το κτήριο των Δημοσίων Λουτρών (Balineae), το οποίο ήταν σε χρήση από τον 1ο έως και τον 4ο μ.Χ. αιώνα. Το λουτρικό αυτό συγκρότημα, χαρακτηριστικό της ρωμαϊκής πολεοδομίας, περιλαμβάνει όλους τους χώρους, οι οποίοι σύμφωνα με το τυπικό των λουτρών ήταν σε χρήση σε ένα τέτοιο κτήριο: γύρω από κήπο (για ξεκούραση των πελατών και επισκεπτών) εκτείνονται τα δωμάτια όπως το κεντρικό λεβητοστάσιο -του οποίου οι τοίχοι σώζονται σε ύψος 4 μέτρων- δύο υπόκαυστα, λουτρώνες για εφίδρωση και αποδυτήρια.

Ο οικισμός εκτείνεται στα νοτιοανατολικά του θεατρικού χώρου. Χαρακτηριστικό είναι ένα σπίτι-έπαυλη, του οποίου σώζονται οκτώ δωμάτια, με επιβλητικό πρόπυλο, μαγειρεία, οικιακό εργαστήριο για κατεργασία πορφύρας. Διαθέτει ακόμη δύο δωμάτια με πάτωμα στρωμένο με άσπρες και μαύρες ψηφίδες που σχηματίζουν γεωμετρικά σχέδια.

Στο νότιο μέρος του νησιού υπάρχει ο ναός, διαστάσεων 18Χ15,70μ., του οποίου σώζεται το κρηπίδωμα με κεντρική είσοδο από την ανατολική στενή πλευρά και δεύτερη είσοδο, κλιμακωτή, στη βόρεια. Ο ναός έχει στο μεγαλύτερο μέρος καταστραφεί εξαιτίας της χρήσης των λίθων του για την οικοδόμηση του γειτονικού κτηρίου του φάρου. Δίπλα στη βορειοδυτική γωνία του ναού βρέθηκαν τα δύο μεγάλα κομμάτια από το κολοσσιαίο λατρευτικό άγαλμά του (που θα ξεπερνούσε τα 2,5μ.) και παρίστανε καθιστή σε θρόνο θεότητα.

Εντυπωσιακή είναι η σειρά μεγάλων θολωτών δεξαμενών που με κτιστούς αγωγούς διοχέτευαν νερό από πηγές.

Στη δυτική ακτή, σπήλαια έχουν χρησιμοποιηθεί ως ξωκλήσια με χαράγματα που παριστάνουν αγίους και επιγραφές λατινικές (ένα απ΄αυτά σώζει χρονολογία 1638).