Ο αρχαιολογικός χώρος του Αγίου Παταπίου αποτελούσε το κέντρο της αρχαίας αλλά και της παλαιοχριστιανικής Βέροιας, καθώς βρισκόταν στην ανατολική πλευρά κεντρικής οδικής αρτηρίας που οδηγούσε από τη βόρεια πύλη του οχυρωματικού περιβόλου στο εσωτερικό της αρχαίας πόλης. Στα ερείπια κτιρίων της ρωμαϊκής περιόδου ανασκάφηκε το πιο εκτεταμένο σύνολο που παρέχει μια πολύ σημαντική εικόνα για την οργάνωση της πόλης κατά την παλαιοχριστιανική περίοδο. Στη θέση αυτή αποκαλύφθηκαν τμήματα ενός κτιριακού συγκροτήματος με εκτεταμένα ψηφιδωτά δάπεδα, ενός παλαιοχριστιανικού βαπτιστηρίου που οργανώθηκε στους χώρους προγενέστερου ρωμαϊκού οικοδομήματος (νυμφαίου;), μιας παλαιοχριστιανικής βασιλικής μαζί με τα προσκτίσματά της, καθώς και τμήματος πιθανόν από το επισκοπείο της πόλης.

Η περίοδος εγκατάλειψης του χώρου σύμφωνα με τα ανασκαφικά δεδομένα, θα πρέπει να τοποθετηθεί σε χρόνους όχι πρωιμότερους των αρχών του 7ου αι., περίοδος κατά την οποία δημιουργήθηκε ένα εκτεταμένο νεκροταφείο στα ερείπια του κτιρίου του συγκροτήματος.

Ο χώρος φαίνεται πως έμεινε σε αχρηστία ως τη μεταβυζαντινή περίοδο. Στα τέλη του 15ου αι., στη θέση αυτή δημιουργήθηκε ένα εργαστήρι κεραμικής, ενώ τον 16ο αι., στα ερείπια της παλαιοχριστιανικής βασιλικής οικοδομήθηκε ο μεταβυζαντινός ναός του Αγίου Παταπίου.