Ο προϊστορικός οικισμός του Αγίου Παντελεήμονα Αμυνταίου στη θέση μεταμόρφωση Σωτήρος βρίσκεται 3 χιλ. δυτικά της σύγχρονης εγκατάστασης και στο νοτιότερο άκρο της μικρής χερσονήσου, που προβάλλει από τις βόρειες ακτές της λίμνης των Πετρών. Ο οικισμός αποτελεί την πρωϊμότερη γνωστή ως τώρα νεολιθική εγκατάσταση στο νομό Φλώρινας και μια από τις λίγες παραλίμνιες θέσεις της Αρχαιότερης Νεολιθικής Περιόδου στο βορειοελλαδικό χώρο. Ο παραλίμνιος οικισμός χαρακτηρίζεται από παρατεταμένη διάρκεια κατοίκησης, η οποία καλύπτει 5,5 σχεδόν χιλιετίες και εκτείνεται χρονικά στο σύνολο σχεδόν της νεολιθικής εποχής και της Εποχής του Χαλκού (6500-1200 π.Χ.). Η μέγιστη ακμή του οικισμού προσδιορίζεται στη Μέση Νεολιθική Περίοδο ενώ αντίθετα παρουσιάζεται έντονη συρρίκνωση και οριστική εγκατάλειψή του, κατά την Ύστερη Εποχή του Χαλκού.

Στο κέντρο του προϊστορικού οικισμού πραγματοποιήθηκε το έτος 2000 ανασκαφική τομή 10 x 10 μ. Για την προστασία των αρχιτεκτονικών λειψάνων και των νεολιθικών ταφών που αποκαλύφτηκαν σε αυτή, διαμορφώθηκε στέγαστρο από σιδηροδοκούς και λαμαρίνες και σφραγίστηκε περιμετρικά ο ανασκαφικός χώρος.

Τα τελευταία χρόνια οι προσπάθειες επικεντρώνονται στη μελέτη του ήδη συγκεντρωμένου υλικού, στη συστηματική ανασκαφική διερεύνηση του χώρου και στην ανάδειξη του. Η διαμόρφωση του αρχαιολογικού χώρου του Αγίου Παντελεήμονα στη θέση Μεταμόρφωση Σωτήρος και η πρόσβαση σε αυτόν εντάσσονται στα πλαίσια της ανάδειξης, η οποία προβλέπεται από τη μελέτη ένταξης του έργου στο Γ΄ Κοινοτικό Πλαίσιο Στήριξης.