Το νεκρομαντείο του Αχέροντα είναι κτισμένο στην κορυφή ενός λόφου και για την κατασκευή του χρειάσθηκε να ισοπεδωθεί ο βράχος. Ένας πολυγωνικός ορθογώνιος περίβολος με είσοδο στη βόρεια πλευρά περιβάλλει ένα τετράγωνης κάτοψης κτήριο, το κυρίως ιερό. Αυτό χωρίζεται με δύο παράλληλους τοίχους σε μια κεντρική αίθουσα και δύο πλάγια κλίτη. Κάτω από την κεντρική αίθουσα βρίσκεται μια υπόγεια αίθουσα, λαξευμένη στο βράχο, η οροφή της οποίας στηρίζεται σε δεκαπέντε πώρινα τόξα. Πρόκειται για το σκοτεινό ανάκτορο της Περσεφόνης και του Άδη. Σύμφωνα με τα αρχαιολογικά ευρήματα το τμήμα αυτό του ιερού χρονολογείται στους πρώιμους ελληνιστικούς χρόνους (τέλη 4ου - 3ου αι. π.Χ.). Σε μια δεύτερη οικιστική φάση, στο τέλος του 3ου αι. π.Χ., προστέθηκε στα δυτικά του αρχικού ιερού ένα συγκρότημα με μια κεντρική αυλή, γύρω από την οποία υπήρχαν δωμάτια και αποθήκες. Πρόκειται για χώρους που χρησίμευαν για τη διαμονή των ιερέων και των επισκεπτών του ιερού.

Η αρχιτεκτονική μορφή του οικοδομήματος μπορεί να συγκριθεί με ένα μεγαλοπρεπές ταφικό μνημείο, με μαυσωλείο, όπως αυτά διαμορφώθηκαν στα τέλη του 5ου αι. π.Χ. στη Μικρά Ασία και στην Ανατολή για την ταφή διάφορων ηγεμόνων (π.χ. μνημείο του Μαυσώλου στην Αλικαρνασσό). Η κατασκευή του με επιμελημένη πολυγωνική τοιχοδομία, σιδερόφρακτες πύλες, εσωτερική διαίρεση με διαδρόμους, ήταν προσαρμοσμένη στη χθόνια λατρεία και στις τελετουργίες της. Οι πιστοί έμπαιναν σε ένα σκοτεινό διάδρομο και ο ιερέας τους οδηγούσε στους κατάλληλους χώρους για να γίνει η προετοιμασία τους. Εκεί έπρεπε να κάνουν δίαιτα, να απαλλαγούν από τα μιάσματα με κάθαρση και να τελέσουν θυσίες. Μετά έμπαιναν στη μεγάλη σκοτεινή αίθουσα για να συναντήσουν τις ψυχές των νεκρών.

Οι εργασίες έφεραν στο φως εκατοντάδες αγγείων, που περιείχαν προσφορές, λυχνάρια, αλλά και μικρότερα αγγεία, τα οποία ήταν συχνά διακοσμημένα με το ρυθμό ''δυτικής κλιτύος'', ενώ στις αποθήκες βρέθηκαν, επίσης, μυλόπετρες, θαλασσινά όστρεα, γεωργικά και οικοδομικά εργαλεία, ειδώλια της θεάς Περσεφόνης και του Κέρβερου.