Στο χώρο της αρχαίας πόλης της Ελύρου διακρίνονται ερείπια κτιρίων, από τα οποία ορισμένα σώζονται σε μεγάλο ύψος. Εντυπωσιακές είναι οι υδατοδεξαμενές και τμήμα του ρωμαϊκού υδραγωγείου. Είναι ορατό τμήμα του αρχαίου τείχους και του αρχαίου θεάτρου. Στην κορυφή του υψώματος σώζεται τούρκικος "κουλές".

Στο κέντρο του αρχαιολογικού χώρου υπάρχει εκκλησία της Παναγίας , που έχει ανεγερθεί πάνω στα ερείπια Παλαιοχριστιανικής βασιλικής, από την οποία σώζονται ψηφιδωτά δάπεδα με φυτικό και ζωικό διάκοσμο, αλλά και πλησίον αρχαίου ναού, όπως μαρτυρείται βιβλιογραφικά.

Μέχρι πρόσφατα δεν είχε διεξαχθεί ανασκαφική έρευνα στην πόλη. Περιστασιακά έχουν διενεργηθεί σωστικές ανασκαφές τάφων της ρωμαϊκής κυρίως περιόδου. Τα έτη 2003 - 2004 πραγματοποιήθηκε από την ΚΕ΄ΕΠΚΑ συστηματική ανασκαφή στο χώρο του αρχαίου θεάτρου. Εντυπωσιακό άγαλμα ρωμαϊκών χρόνων, ο Φιλόσοφος της Ελύρου, αποκαλύφθηκε στην περιοχή στις αρχές του 20ου αι. και σήμερα εκτίθεται στο Αρχαιολογικό Μουσείο Χανίων.

Το νεκροταφείο της πόλης εκτείνεται στις νότιες και νοτιοανατολικές υπώρειες του λόφου, όπου έχουν εντοπιστεί αρκετοί τάφοι διαφόρων τύπων των ελληνιστικών και των ρωμαϊκών χρόνων.