Ο κηρυγμένος αρχαιολογικός χώρος στο λόφο του Αετού, ταυτίζεται με τον στενό ισθμό που ενώνει τα δύο τμήματα του νησιού. Η θέση της οχυρωμένης εγκατάστασης-πόλης είναι στρατηγικής σημασίας: βόρεια και νότια αυτής υπάρχουν δύο φυσικά λιμάνια, ενώ από την κορυφή του λόφου, όπου βρίσκεται και η ακρόπολη, ελέγχεται οπτικά ο δίαυλος μεταξύ Ιθάκης και Κεφαλονιάς, ενώ υπάρχει ακώλυτη θέα προς την ηπειρωτική χώρα.



Η αρχαία πόλη στο λόφο του Αετού ήταν γνωστή ήδη από τις αρχές του 19ου αι., μέσα από τις περιγραφές των ξένων περιηγητών, αλλά και των ?ανασκαφών? που έλαβαν χώρα στο πλαίσιο της αναζήτησης της ομηρικής Ιθάκης. Ο Ερρίκος Σλήμαν διεξήγαγε την πρώτη του ανασκαφή στον λόφο του Αετού. Ήδη από τις πρώτες αυτές έρευνες ήρθαν στο φως χάλκινα νομίσματα με την μορφή του Οδυσσέα και την επιγραφή ΙΘΑΚΩΝ.



Τα οικοδομικά λείψανα της πόλης είναι πολλά και καλύπτουν ολόκληρη την ανατολική πλαγιά του λόφου. Η πόλη περιβάλλεται από τείχη, τα οποία σε ορισμένα σημεία διατηρούνται σε εντυπωσιακό ύψος και είναι κτισμένα κατά το πολυγωνικό σύστημα.



Στο διάσελο του λόφου, εκεί που σήμερα βρίσκεται ο επαρχιακός δρόμος, ανασκάφθηκε από την Βρετανική Αρχαιολογική Σχολή στη δεκαετία του 1930 ένα από τα σημαντικότερα ιερά του ελληνικού χώρου, που ταυτίζεται με ιερό του Απόλλωνα. Τα ευρήματα ήταν πλούσια και χρονολογούνται από την Πρωτογεωμετρική (10ος αι. π.Χ.) μέχρι και την Ελληνιστική Εποχή (3ος αι. π.Χ. ? αρχές 2ου π.Χ. αι.) και εκτίθενται στο Μουσείο στο Βαθύ.