Ο Αρχαιολογικός χώρος Φίλιας βρίσκεται 5χλμ ΝΔ των Σοφάδων, στη θέση «Χαμάμια» του ΔΔ Φίλιας. Οι ανασκαφές στον χώρο ξεκίνησαν το 1962 υπό την διεύθυνση του Δ.Ρ. Θεοχάρη μετά την αποκάλυψη πληθώρας χάλκινων ειδωλίων καθώς και αρχιτεκτονικών λειψάνων τα οποία ήρθαν στο φως, το 1960, κατά την διάρκεια άροσης των αγρών με μηχανικό άροτρο. Οι ανασκαφικές έρευνες συνεχίσθηκαν το 1964 υπό την διεύθυνση του Α. Λιάγκουρα, όπου ήρθε στο φως το μυκηναϊκό στρώμα. Την επόμενη χρονιά το 1965, ο Δ. Θεοχάρης, συνέχισε την ανασκαφή η οποία διήρκησε μέχρι το 1967 και είχε αρκετές ενδείξεις ούτως ώστε να ταυτίσει τον χώρο με το Ομοσπονδιακό Ιερό της Ιτωνίας Αθηνάς στο οποίο αναφέρεται ο Στράβωνας. Το 1980, οι καθηγήτριες του Α.Π.Θ. κα. Α. Πιλάλη και κα Α. Παπαευθυμίου, διενήργησαν μικρής έκτασης ανασκαφική έρευνα στον χώρο όπου εντοπίσθηκαν τα μυκηναϊκά αρχιτεκτονικά λείψανα. Το 1988 πραγματοποιήθηκε ανασκαφική έρευνα σε απόσταση 200μ ΝΑ από τον χώρο που ανέσκαψε ο Δ. Θεοχάρης από τον αρχαιολόγο της ΙΓ? Ε.Π.Κ.Α. κ. Χαρ. Ιντζεσίλογλου.

Τα παλαιότερα ευρήματα χρονολογούνται στην μυκηναϊκή περίοδο. Πρόκειται για ένα κτήριο τραπεζοειδούς σχήματος, διαστάσεων 4,85μ Χ 2,80-3,10 μ, το οποίο αποκαλύφθηκε σε βάθος 1,64μ η θεμελίωση του ήταν κατασκευασμένη από ποταμίσιες πέτρες ενώ η ανωδομή του από ωμούς πλίνθους. Μεγάλος αριθμός οστράκων αποκαλύφθηκε σε καθαρό στρώμα πάχους 0.30-0.50μ. Η κεραμική αυτή καθώς και τα ειδώλια που προήλθαν από αυτό το στρώμα χρονολογούνται στην ΥΕ ΙΙΙΒ. ΥΕ ΙΙΙΓ περίοδο.

Κατά την πρώτη ανασκαφική περίοδο ο Δ. Ρ. Θεοχάρης επικέντρωσε την έρευνα στον εντοπισμό του αποθέτη από τον οποίο προέρχονταν τα μεταλλικά αντικείμενα τα οποία βρέθηκαν τα προηγούμενα έτη από τους χωρικούς. Από τον αποθέτη ήρθε στο φως μεγάλος αριθμός χάλκινων αντικειμένων, όπως δακτύλιοι, περόνες, πόρπες, πτηνόσχημα και ζωόμορφα εξαρτήματα, δύο αγαλματίδια και τμήματα άλλων, σιδηρά όπλα και εξαρτήματα, ένα διακοσμητικό ορειχάλκινο αγαλματίδιο καθώς και μεγάλος αριθμός ορειχάλκινων πορπών. Τα ευρήματα αυτά χρονολογήθηκαν από τον ανασκαφέα στους ύστερους γεωμετρικούς χρόνους και την αρχαϊκή περίοδο. Κατά την διάρκεια της ανασκαφικής έρευνας που διενήργησε ο κ. Χ. Ιντζεσίλογλου ήρθε στο φώς ένα στρώμα από γκρίζο λιπαρό χώμα πάχους 0,30μ περίπου, πλούσιο σε ευρήματα που χρονολογούνται στο β΄ μισό του 8ου αι. και το α΄ μισό του 7ου αι. π.Χ. πρόκειται για δεκάδες ψήφων όρμου από υαλόμαζα ποικίλων σχημάτων, πολλά κομμάτια χάλκινων πορπών και άλλα μικροαντικείμενα Τα αρχιτεκτονικά μέλη τα οποία βρίσκονται διάσπαρτα στον χώρο αποτελούν σαφείς ενδείξεις για την ύπαρξη ναού των αρχαϊκών χρόνων (τμήμα πήλινου γείσου), των κλασσικών, ελληνιστικών και ρωμαϊκών χρόνων. Αρχιτεκτονικά μέλη από πωρόλιθο τα οποία φέρουν κονίαμα το οποίο διατηρεί και την βαφή. Βρέθηκαν τεμάχια μαρμάρινων στρωτήρων και καλυπτήρων, κορινθιακών κιονόκρανων κλπ.

Η παρουσία της κεραμικής των γεωμετρικών, αρχαϊκών και κλασικών χρόνων επιβεβαιώνει την ύπαρξη του ιερού και κατά την διάρκεια αυτών των περιόδων Ένα από τα σπουδαιότερα κεραμικά ευρήματα είναι όστρακο από το κέντρο ερυθρόμορφου κύλικα το οποίο πιθανόν χρονολογείται στο 490-480 π.Χ. το οποίο σώζει τμήμα ερωτικής παράστασης, το οποίο πιθανόν είναι έργο γνωστού αττικού αγγειογράφου.

Σε απόσταση περίπου 300μ βόρεια, από την κυρίως ανασκαφή , αποκαλύφθηκαν λείψανα μεγάλου κτιρίου της ρωμαϊκής περιόδου. (3ος αι. μ.Χ.) Ερευνήθηκαν μόνο δύο χώροι των οποίων τα δάπεδα κοσμούνται με ψηφιδωτά με γεωμετρικά θέματα και με μαρμάρινες πλάκες. Σε αγρό που βρίσκεται βορειοανατολικά του περιφραγμένου χώρου του πανθεσσαλικού ιερού της Ιτωνίας Αθηνάς ο κ. Χ. Ιντζεσίλογλου έφερε στο φώς έναν τοίχο με κατεύθυνση Β-Ν που σώθηκε στο ύψος ενός δόμου, τον οποίο αποκάλυψε σε μήκος 13μ. . Αποτελείται από γωνιόλιθους ασβεστόλιθου και ψαμμόλιθου σε β΄ χρήση. Δυτικά του τοίχου αποκαλύφθηκαν πολύ μικρά τμήματα δύο κτιρίων ρωμαϊκών χρόνων, που απέχουν μεταξύ τους 8,25μ. Ανατολικά του τοίχου βρέθηκαν δύο παραλληλόγραμμοι κεραμικοί κλίβανοι. Ο μεγαλύτερος έχει διαστάσεις 2,60μ Χ 2,38μ. Ο δε μικρότερος 1,69μ Χ 1,24μ. Ο ανασκαφέας υποθέτει ότι πρόκειται για ενός αναλήμματος ή περιβόλου που οριοθετούσε από προς τα ανατολικά το χώρο του ιερού κατά την ρωμαϊκή περίοδο. Στον κύριο τομέα της ανασκαφής αποκαλύφθηκε επίσης τρίκλιτη Παλαιοχριστιανική Βασιλική η οποία φέρει νάρθηκα και αψίδα. Το συνολικό μήκος της είναι 24,20μ το δε πλάτος της είναι 14μ. Ελάχιστα λείψανα σώζονται από το ψηφιδωτό της δάπεδο. Τα αρχιτεκτονικά μέλη είναι σε δεύτερη χρήση από τον ελληνιστικό ναό.