Η πόλη της Αρχαίας Μεσσήνης συνέχισε να κατοικείται κατά την παλαιοχριστιανική και μέση βυζαντινή περίοδο, ωστόσο η έκτασή της περιορίστηκε γύρω από τους πρόποδες του όρους Ιθώμη, στην περιοχή του σημερινού χωριού Μαυρομμάτι. Η περιοχή αναφέρεται στις πηγές ως Μεσσήνη μέχρι τον 8ο αι. και στη συνέχεια ως Βολκάνο ή Βουλκάνο και έχει συνδεθεί με τη δράση του Οσίου Νίκωνος του Μετανοείτε, που με το κήρυγμά του κατά τον 10ο αι. προσπάθησε να εκχριστιανίσει τα σλαβικά φύλα που κατοικούσαν εκεί. Αποτέλεσμα αυτής της προσπάθειας θεωρείται η ανέγερση μιας σειράς εκκλησιών στην περιοχή της μεσσηνιακής ενδοχώρας και των ναών που σώζονται στο Μαυρομμάτι: τον Άγιο Ιωάννη τον Ριγανά μέσα στο χωριό, το Φραγκοκλήσσι στον αρχαιολογικό χώρο της Αρχαίας Μεσσήνης, την Κλησά Κούκε, κοντά στη είσοδο του αρχαιολογικού χώρου και την Κλησά Πόρτη κοντά στην Αρκαδική Πύλη. Ο ναός του Αγίου Νικολάου, μέσα στο νεκροταφείο του οικισμού, χρονολογείται στο 12ο αιώνα. Οι ναοί αυτοί, μαζί με μια ομάδα άλλων μνημείων (Άγιος Νικόλαος Αρσινόης, Αγία Παρασκευή Τρικόρφου, Άγιος Νικόλαος στο Κουρτάκι, Κοίμηση Πλατανόβρυσης κ.ά.) βάσει των μορφολογικών και τυπολογικών τους χαρακτηριστικών εντάσσονται στα τέλη του 10ου-11ο αιώνα και μαρτυρούν μία οικοδομική έξαρση στην μεσσηνιακή ύπαιθρο, που δεν αποκλείεται να συνδέεται με την αναδιοργάνωση αρχαιότερων οικισμών ή και με την ίδρυση νέων αγροτικών εγκαταστάσεων, σε διάφορες θέσεις, κυρίως γύρω από την μεσσηνιακή πεδιάδα. (ΦΩΤ.: Αρχείο 26ης ΕΒΑ - Β. Γεωργιάδης)