Το ιερό των Αιγυπτίων θεών ιδρύθηκε στη νότια πλευρά του κάμπου του Μαραθώνος, στο Μικρό Έλος, από τον Ηρώδη τον Αττικό, επάνω σε μικρό έξαρμα στο κέντρο του έλους, όπου υπήρχε και συγκρότημα λουτρών. Αποτελείται από ένα ορθογώνιο χώρο του κυρίως ιερού στα δυτικά και από ένα μικρότερο της εισόδου στα ανατολικά. Το κυρίως ιερό περικλείει ορθογώνιος περίβολος (60,50x64,60 μ.) με τέσσερις εισόδους, μια στο μέσον κάθε πλευράς. Οι είσοδοι, που μιμούνται αιγυπτιακούς πυλώνες, σχηματίζονται από δύο ορθογώνιους πύργους, ανάμεσα στους οποίους διατηρούνται μαρμάρινες βαθμίδες και το κατώφλι.

Στην εξωτερική και εσωτερική όψη κάθε πυλώνα, το άνοιγμα πλαισιωνόταν από ζεύγος αγαλμάτων σε υπερφυσικό μέγεθος, πάνω σε βάσεις. Το ένα ήταν ανδρικό, στον τύπο των αγαλμάτων των Φαραώ, και το άλλο γυναικείο. Απεικονίζεται η θεά Ίσις σε διάφορους τύπους, π.χ. ως Δήμητρα κρατώντας στάχυα ή ως Αφροδίτη κρατώντας τριαντάφυλλα. Σώζονται τρία ζεύγη αγαλμάτων, που εκτίθενται στο Αρχαιολογικό Μουσείο Μαραθώνα, καθώς και βάσεις. Αντίγραφα των αγαλμάτων έχουν τοποθετηθεί στις αντίστοιχες βάσεις τους.

Από τους τέσσερις πυλώνες πλακόστρωτες οδοί οδηγούν στο κέντρο του ιερού, το οποίο καταλαμβάνει βαθμιδωτή κατασκευή, πάνω σε ορθογώνιο άνδηρο. Το άνδηρο περιβάλλεται από διάδρομο. Οι πλακόστρωτες οδοί καταλήγουν στην εξωτερική πλευρά του διαδρόμου, σε μία υπερυψωμένη κατασκευή-εξέδρα, όπου ανέβαινε κανείς με μια κλίμακα.

Δεξιά και αριστερά των εξεδρών υπάρχει από ένα δωμάτιο, πιθανώς βοηθητικό του ιερού. Σε δύο από τα δωμάτια βρέθηκε μαρμάρινο άγαλμα Ίσιδας, αιγυπτιάζουσα Σφίγγα, υπερμεγέθεις λύχνοι με ανάγλυφη παράσταση Σάραπι και Ίσιδας καθώς και μαρμάρινα γεράκια που συμβολίζουν τον θεό Ώρο.

Έξω από τον ανατολικό πυλώνα διαμορφώνεται μεγάλος αύλειος χώρος, προσιτός από μνημειώδες πρόπυλο στην ανατολική πλευρά, απέναντι από τον πυλώνα. Η αυλή περιβάλλεται στις τρεις πλευρές από στοά. Στα νότια ανοίγονται βοηθητικοί χώροι.

Το κέντρο της λατρείας φαίνεται ότι ήταν η βαθμιδωτή κατασκευή. Σύμφωνα με επιγραφή το ιερό ενδέχεται να ήταν αφιερωμένο στο Σάραπι, εξελληνισμένη μορφή του αιγυπτιακού θεού Όσιρι. Κυρίαρχη θέση έχει η Ίσιδα, σύντροφος του Όσιρι, ενώ συλλατρευόταν ο γυιός τους Ώρος. Η λατρεία των αιγυπτιακών θεοτήτων υιοθετήθηκε σταδιακά στον ελληνικό χώρο από τις τελευταίες δεκαετίες του 4ου αι.π.Χ. και κέρδιζε συνεχώς έδαφος.