Στη βορειοδυτική ακτή του νησιού, στην περιοχή του Canal d' amour στο Σιδάρι, βρίσκεται σημαντικός προϊστορικός οικισμός. Ιδρύθηκε σε πρώιμη φάση του Ολόκαινου, στο εσωτερικό μιας μικρής παραθαλάσσιας πεδιάδας, την οποία διέσχιζε ένας χείμαρρος. Η σταδιακή προσχώρηση της θάλασσας και η διάβρωση έχει ως αποτέλεσμα ο οικισμός να είναι σήμερα παράκτιος. Ωστόσο, γύρω στο 10.000 π.Χ. η ακτή εκτεινόταν σχεδόν 500μ με 4χμ από τη σημερινή της θέση.

Οι πρώτες ενδείξεις ανθρώπινης εγκατάστασης στο Σιδάρι χρονολογούνται στη Μεσολιθική περίοδο (τέλη της 8ης - αρχές της 7ης χιλιετίας π.Χ.). Την περίοδο αυτή η επικράτηση θερμότερων κλιματικών συνθηκών προκάλεσε το λιώσιμο των πάγων και την άνοδο της θαλάσσιας στάθμης, με αποτέλεσμα τη σταδιακή αποκοπή της Κέρκυρας από τον ηπειρωτικό κορμό και τη μετατροπή της σε νησί. Οι περιβαλλοντολογικές αυτές αλλαγές είχαν σοβαρές επιπτώσεις στην πανίδα και τη χλωρίδα, γεγονός που επηρέασε τους πληθυσμούς νομάδων που κατοικούσαν στο νησί και τις θηρευτικές τους συνήθειες. Η ανεύρεση στο Σιδάρι σημαντικών ποσοτήτων οστρέων θεωρείται ένδειξη εντατικότερης αλιείας και εκμετάλλευσης των θαλάσσιων πόρων.

Λίγο αργότερα, κατά τα μέσα της 7ης χιλιετίας, εγκαθίσταται στην περιοχή μια νεολιθική κοινότητα. Αποτελείται από αγρότες - κτηνοτρόφους, οι οποίοι ζουν σε σπίτια κατασκευασμένα από αχυρόπηλο. Ο οικισμός αυτός στο Σιδάρι συμπίπτει χρονολογικά με την έναρξη της Νεολιθικής περιόδου στον ελλαδικό χώρο (Αρχαιότερη Νεολιθική). Αν και πρώιμος, παρουσιάζει σαφή χαρακτηριστικά της νεολιθικής οικονομίας, όπως για παράδειγμα η καλλιέργεια εξημερωμένων φυτών (σιτηρά, όσπρια) και η εκτροφή οικόσιτων ζώων (βόδι, γουρούνι και αιγοπρόβατα). Καινούργιο στοιχείο θεωρείται επίσης η εμφάνιση της κεραμικής. Τα πρώιμα αυτά σκεύη έχουν απλές φόρμες και αρχικά είναι μονόχρωμα, ενώ αργότερα οι επιφάνειές τους διακοσμούνται με εμπίεστα και εγχάρακτα μοτίβα. Παρόμοιες διακοσμητικές τεχνικές εμφανίζονται επίσης στη ΒΔ Ελλάδα, την Αδριατική και την Ιταλία, γεγονός που υποδηλώνει την ανάπτυξη επαφών και ανταλλαγών μεταξύ των Νεολιθικών κοινοτήτων.

Στις αρχές της 6ης χιλιετίας η θέση στο Σιδάρι εγκαταλείφθηκε και καλύφθηκε από ποτάμιες προσχώσεις. Ίχνη εγκατοίκησης διαπιστώθηκαν και πάλι στη Νεότερη/Τελική Νεολιθική περίοδο. Η ζωή συνεχίστηκε στο Σιδάρι μέχρι και την Eποχή του Χαλκού, οπότε και η θέση εγκαταλείφθηκε.