Η μυγδονική Απολλωνία υπήρξε μια από τις σπουδαιότερες πόλεις της μακεδονικής ενδοχώρας. Σύμφωνα με τη μαρτυρία του Θουκυδίδη, την ίδρυσή της πρότεινε ο βασιλιάς Περδίκκας ο Β΄ για να συνοικίσει τον πληθυσμό των παραλίων πόλεων της Χαλκιδικής, όταν απειλούνταν από τους Αθηναίους. Η πρωιμότερη φάση της πόλης εντοπίστηκε σε μια τούμπα - τράπεζα στα νοτιοανατολικά της έκτασης όπου απλωνόταν η κλασική πόλη. Η θέση αυτή έχει ενδείξεις κατοίκησης από την Εποχή του Χαλκού μέχρι τα αρχαϊκά χρόνια. Μετά την παράδοση ενός χρυσού στεφανιού και ενός αγάλματος Νίκης, ερευνήθηκε σε δύο ανασκαφικές περιόδους μεγάλο μέρος (834μ.) της περιμέτρου των τειχών της κλασικής και ελληνιστικής εποχής, συνολικής έκτασης 3.100μ. και εμβαδού 33 εκταρίων, καθώς επίσης και τάφοι του βόρειου και νότιου νεκροταφείου της και τμήμα ενός δημόσιου οικοδομήματος. Μεγάλο τμήμα του δυτικού τείχους της πόλης ανακατασκευάζεται στα ελληνιστικά χρόνια.Ο χώρος χρησιμοποιήθηκε μέσα στον 5ο και στο α΄ μισό του 4ου αιώνα για εγκατάσταση εργαστηρίων, όπως έδειξε η ανασκαφή δύο κλιβάνων, οι οποίοι καταστράφηκαν από κεραμοσκεπείς τάφους του δεύτερου μισού του 4ου αιώνα π.Χ.. Γνωρίζουμε από επιγραφικές μαρτυρίες ότι η πόλη διέθετε γυμνάσιο, ναό του Διονύσου και λατρεία Διός, Ερμού και Ηρακλή. Η ανεύρεση του αγάλματος της Νίκης υποδεικνύει πιθανόν τη θέση της αγοράς στην πόλη. Στα ρωμαϊκά χρόνια είχε άρτιο υδροδοτικό σύστημα. Η πόλη στους ύστερους ρωμαϊκούς χρόνους συρρικνώνεται, ωστόσο εξακολουθεί να κατοικείται και κατά τους παλαιοχριστιανικούς, όπως δείχνουν οι αντίστοιχης εποχής τάφοι σε επαφή με το βόρειο τείχος της.