Γύρω από την Απολλωνία αναπτύσσονται οι νεκροπόλεις της με εκτεταμένα νεκροταφεία, που καταλαμβάνουν έκταση σχεδόν διπλάσια της πόλης, δείχνοντας την πυκνότητα της κατοίκησής της. Στα νότια αναπτύσσεται το υστεροκλασικό και το ελληνιστικό νεκροταφείο, όπου ανασκάφηκαν συνολικά δεκαέξι κεραμοσκεπείς και δύο λακκοειδείς τάφοι, δύο εγχυτρισμοί και δύο καύσεις. Πρόκειται ένα αραιό σχετικά νεκροταφείο με διάσπαρτες ταφές, που θα μπορούσαν να χρονολογηθούν μετά τα μέσα του 4ου αιώνα π.Χ..