Το Ιερό της Αφροδίτης του Δαφνίου είναι γνωστό από αναφορά του περιηγητή Παυσανία κατά την περιγραφή της πορείας του προς την Ελευσίνα. Ήταν σε χρήση από την κλασική έως και τη ρωμαϊκή περίοδο.

Πρόκειται για χώρο υπαίθριας λατρείας της Αφροδίτης, που τον όριζε ένας περίβολος ακανόνιστου ορθογώνιου σχήματος, μέσα στον οποίο σώζονται σήμερα τα θεμέλια ενός στωϊκού κτίσματος και ενός ναΐσκου μέσα στον οποίο στεγαζόταν το λατρευτικό άγαλμα της θεάς. Κατά μήκος της βόρειας πλευράς του τεμένους υψώνεται κάθετα το βραχώδες μέτωπο του λόφου, πάνω στο οποίο είχαν λαξευτεί κόγχες για την τοποθέτηση αναθημάτων προς τη θεά, όπως μαρμάρινα περιστέρια και ειδώλια Αφροδίτης, που βρέθηκαν στις ανασκαφές.

Το Ιερό της Αφροδίτης βρίσκεται στη βόρεια παρυφή της Ιεράς Οδού η οποία στο σημείο αυτό διχαζόταν. Το ένα σκέλος είχε την ίδια πορεία με τη σημερινή, ενώ το άλλο ακολουθούσε ορεινό μονοπάτι προς τους Ρειτούς (σημερινή λίμνη Κουμουνδούρου), όπου οι δύο δρόμοι ενώνονταν σε έναν μέχρι την Ελευσίνα.

Στη νότια παρυφή της Ιεράς Οδού, απέναντι από το Ιερό της Αφροδίτης υπάρχει ορθογώνιο κτίσμα το οποίο αρχικά χρησίμευε για την διαμονή της φρουράς που ήλεγχε το δρόμο και μετά την ερήμωση του, ως ταφικός περίβολος.