Η πόλη της Φαιστού απλώνεται σε μεγάλη έκταση γύρω από το κεντρικό ανάκτορο πάνω σε λόφους και εντός μιας πεδινής έκτασης. Εκτείνεται όχι μόνο στο χαμηλότερο λόφο και τις πλαγιές του, αλλά και στον απέναντι λόφο, όπου βρίσκονται σήμερα τα κτήρια της Ιταλικής Αρχαιολογικής Σχόλης και το τουριστικό περίπτερο και φτάνει ως το εκκλησάκι του Αγίου Γεωργίου της Φαλάνδρας δυτικά και το χωριό του Αγίου Ιωάννη νότια.

Τα πρώτη ίχνη κατοίκησης στην περιοχή ανάγονται χρονολογικά στη Νεότερη Νεολιθική Εποχή. Αρχιτεκτονικά λείψανα βρέθηκαν σε διάφορα σημεία του ανακτόρου καθώς και στα Χάλαρα. Ενδιαφέρον παρουσιάζουν τα λιθόκτιστα θεμέλια μιας στρογγυλής οικίας που ανασκάφτηκε στο νότιο άκρο του ανακτόρου.

Τα αρχιτεκτονικά λείψανα της πρωτομινωικής περιόδου κατά την οποία ξεκινά η ακμή της Φαιστού είναι λιγοστά. Τα λείψανα βρίσκονται δυτικά της νεολιθικής οικίας, στη δυτική πτέρυγα του ανακτόρου, κάτω από τα δάπεδα της ''Δυτικής'' και της ''Κάτω αυλής'' και στο κέντρο του βόρειου περιστυλίου, όπου ήρθε στο φως ένα αρκετά μεγάλο δωμάτιο. Κινητά ευρήματα, ωστόσο, όπως κεραμική των ρυθμών Πύργου και Αγίου Ονουφρίου, αλλά και οι θολωτοί τάφοι της Μεσαράς με τα πλούσια κτερίσματά τους φανερώνουν έναν ακμαίο οικισμό με μεγάλο πληθυσμό. Οι νεκροί θάβονται ομαδικά, κατά γένη. Οι κάτοικοι της Φαιστού αποδεικνύεται ότι είχαν επίσης αναπτύξει σχέσεις με τις Κυκλάδες, την Αίγυπτο και την Ανατολή.

Στις αρχες της 2ης χιλιετίας η Φαιστός γίνεται έδρα βασιλιά και κατασκευάζεται το πρώτο ανάκτορο πάνω στην κορυφή του χαμηλότερου λόφου. Το αρχαιότερο τμήμα του ανακτόρου διατηρείται νότια της ''Δυτικής αυλής''. Στον περιβάλλοντα χώρο του ανακτόρου διασώθηκαν λείψανα σπιτιών της παλαιοανακτορικής περιόδου, τα οποία βρίσκονται νότια και δυτικά της ''Δυτικής αυλής'', ενώ και στις θέσεις Αγία Φωτεινή και Χάλαρα βορειοανατολικά και νοτιοανατολικά του ανακτόρου, αποκαλύφτηκαν τμήματα του οικισμού. Μετά την καταστροφή του 1450 π.Χ. το ανάκτορο εγκαταλείφτηκε οριστικά. Αντίθετα, η ζωή στην πόλη της Φαιστού συνεχίστηκε ανεπηρέαστη, όπως αποδεικνύουν οικοδομικά λείψανα που βρέθηκαν κυριώς δυτικά και νότια της ''Δυτικής αυλής'', βόρεια από το δρόμο προς το τουριστικό περίπτερο και στη θέση Χάλαρα. Μυκηναϊκοί τάφοι ήρθαν στο φως στη θέση Καλύβια, βορειοανατολικά της Φαιστού. Η πόλη και η ζωή των κατοίκων της βρίσκονται πλέον κάτω από μυκηναϊκή επιρροή.

Η πτώση του Μυκηναϊκού πολιτισμού δε φέρνει την καταστροφή στη Φαιστό. Ένας σημαντικός οικισμός σε μεγάλη έκταση υπάρχει στο λόφο κατά την πρωτογεωμετρική και γεωμετρική περίοδο. Ο οικισμός χαρακτηρίζεται από μεγάλα κολοκτισμένα σπίτια και έναν πλακόστρωτο δρόμο που ανηφορίζει προς το χώρο της ''Δυτικής αυλής'', όπως αποδεικνύει το ανεσκαμμένο τμήμα του οικισμού στη νοτιοδυτική παρυφή του ανακτόρου. Κατά την αρχαϊκή περίοδο αρχίζει και πάλι να ακμάζει η πόλη και να μεγαλώνει. Πλέον καλύπτει έκταση μεγαλύτερη της μινωικής πόλης, καθώς απλωνόταν δυτικά στον ψηλό λόφο του Αφέντη Χριστού και νότια πέρα από το χωριό του Αγίου Ιωάννη. Λείψανα τείχους έχουν εντοπιστεί στο λόφο όπου βρίσκεται το τουριστικό περίπτερο, στη θέση του Αγίου Γεωργίου της Φαλάνδρας και στο λόφο του Αφέντη Χριστού και αποδεικνύουν πως η αρχαϊκή πόλη διέθετε οχυρωμένη ακρόπολη.

Σύμφωνα με τις μαρτυρίες των ανασκαφέων της Φαιστού, στο χώρο του ανακτόρου υπήρχαν πολλά κτήρια ελληνιστικής και ρωμαϊκής εποχής. Τα περισσότερα από αυτά όμως καταστράφηκαν για να αποκαλυφτεί το μινωικό ανάκτορο. Από την πρώιμη αρχαϊκή εποχή σώζεται ο ναός της ''Μεγάλης Μητέρας'' ή της Ρέας, που ήρθε στο φως στη νότια παρυφή του ανακτόρου. Η ελληνιστική πόλη, καθώς δεν υπάρχουν λείψανα κλασικής περιόδου, φαίνεται ότι ήταν ιδιαίτερα ισχυρή, καταλάμβανε μεγάλη έκταση και διέθετε καλοκτισμένα σπίτια που ήρθαν στο φως στα Χάλαρα, στον Άγιο Γεώργιο της Φαλάνδρας και στο χώρο του ανακτόρου. Χαρακτηριστικό παράδειγμα ελληνιστικού κτηρίου αποτελεί το κτίσμα στην επάνω αυλή του ανακτόρου με μεγάλες αίθουσες, μια από τις οποίες διαθέτει δυο κίονες, κεντρική εστία και ''θρανία'' κατά μήκος των τοίχων.