Tα σημαντικότερα μνημεία και αρχιτεκτονικά σύνολα τυ αρχαιολογικού χώρου των Γουρνιών είναι τα ακόλουθα:

Η ατείχιστη πόλη απλωνόταν στις πλαγιές χαμηλού λόφου. Δύο περιφερειακοί πλακόστρωτοι δρόμοι που τέμνονται από καθέτους προς αυτούς, συχνά κλιμακωτοί, συνδεδεμένοι όλοι με αποχετευτικό δίκτυο, ορίζουν οικοδομικά τετράγωνα, επτά από τα οποία έχουν ήδη ανασκαφεί. Οι διόροφες οικίες (οι μεγαλύτερες διαστάσεων 5Χ5μ.), έχουν κοινούς εξωτερικούς τοίχους. Σήμερα σώζονται οι αποθηκευτικοί και εργαστηριακοί χώροι του ισογείου και τα υπόγεια, που ήταν προσπελάσιμα με ξύλινες σκάλες από πάνω. Ο πρώτος όροφος, όπου και η κυρίως κατοικία, προσεγγίζεται με κλίμακα κατ' ευθείαν από το δρόμο. Οι τοίχοι του κατώτερου τμήματος είναι λιθόκτιστοι, ενώ ο όροφος ήταν κατασκευασμένος από ωμές πλίνθους.

Τα Γουρνιά δίνουν την εικόνα της καθημερινής ζωής των Μινωιτών που ασχολούνταν με τη γεωργία, την κτηνοτροφία, την αλιεία, την αγγειοπλαστική και την υφαντουργία, αφού αποκαλύφθηκαν διάφορα εργαλεία (σμίλες, αγκίστρια, σφυριά κλπ.) που το επιβεβαιώνουν. Οι ανασκαφές έφεραν στο φως και άλλα πολυτελέστερα αγγεία (όπως ρυτά και τελετουργικά αγγεία).

Το ανάκτορο -έδρα τοπικού άρχοντα- βρίσκεται στην κορυφή του λόφου, δυτικά ορθογώνιας αυλής από την οποία έχουν είσοδο αρκετές ιδιωτικές κατοικίες. Αποτελούσε το κέντρο, ίσως και την αγορά του οικισμού. Μία σειρά βαθμίδων σε σχήμα Γ ακουμπά στη νότια πλευρά του ανακτόρου, που βλέπει στην αυλή. Σ΄αυτές φαίνεται ότι κάθονταν οι θεατές και παρακολουθούσαν δρώμενα που είχαν θρησκευτικό χαρακτήρα. Πρόκειται δηλαδή για έναν υποτυπώδη "θεατρικό χώρο". Πίσω από την κλίμακα υπάρχει μικρό δωμάτιο, του οποίου το πάτωμα καλύπτεται από ένα λίθο με οπές, που ερμηνεύθηκε ως πλατφόρμα για τη θυσία ταύρου, ενώ δίπλα βρίσκεται"κέρνος" -μικρός λίθος με εσοχές- για προσφορές στις θεότητες. Η δυτική πλευρά του ανακτόρου που έβλεπε σε μια μικρή πλακόστρωτη δυτική αυλή, είχε μνημειώδη όψη με διακοσμητικές εσοχές και εξοχές, θύρα στο κέντρο και παράθυρα που δεν σώζονται πιά.

Το εσωτερικό του ανακτόρου δεν διατηρείται καλά, διέθετε όμως διάφορους επίσημους χώρους καθώς και αποθήκες επάνω από τις οποίες θα υπήρχαν μεγάλα δωμάτια. Η κεντρική αίθουσα του ανακτόρου διαχωριζόταν από την κεντρική αυλή με κιονοστοιχία στρογγυλών ξύλινων κιόνων εναλλάξ με τετράγωνες λίθινες παραστάδες. Βόρεια του ανακτόρου και ανεξάρτητα από αυτό υπάρχει ένα μικρό δημόσιο ιερό αφιερωμένο στη μινωική θεά των όφεων, προσιτό από ένα αδιέξοδο δρόμο. Είναι τετράγωνο (3 x 4 μ.) δωμάτιο, με θρανίο στη νότια πλευρά για την τοποθέτηση των λατρευτικών αντικειμένων, μερικά από τα οποία αποκαλύφθηκαν κατά τις ανασκαφές: πήλινα ειδώλια θεάς με υψωμένα χέρια, τριποδικός βωμός, σωλήνες φιδιών.