Τα σημαντικότερα μνημεία και αρχιτεκτονικά σύνολα των Μαλίων είναι:

Το μεγαλύτερο μέρος των ορατών σήμερα ερειπίων ανήκει στο νεοανακτορικό συγκρότημα, ενώ από το πρώτο ανάκτορο σώζεται τμήμα στα ΒΔ του συγκροτήματος και από την μετανακτορική εποχή ένα μικρό "λοξό" κτίσμα στη βόρεια αυλή. Η πρόσβαση σήμερα στο ανάκτορο γίνεται από την πλακόστρωτη δυτική αυλή, την οποία διασχίζουν ελαφρά υπερυψωμένοι διάδρομοι, οι λεγόμενοι "πομπικοί δρόμοι". Σε κάθε πλευρά του συγκροτήματος ανοίγονταν είσοδοι, κυριότερες όμως ήταν αυτές της βόρειας και νότιας πτέρυγας.

Το ανάκτορο οργανώνεται γύρω από την κεντρική αυλή, που είχε στοές στη βόρεια και ανατολική πλευρά της και ένα βωμό στο κέντρο της.

Tο σημαντικότερο και μεγαλύτερο τμήμα του ανακτόρου είναι η διόροφη δυτική πτέρυγα που περιλάμβανε χώρους ιερούς και επίσημους αλλά και εκτεταμένες αποθήκες. Σημαντικότεροι χώροι είναι η Loggia αίθουσα υπερυψωμένη, ανοιχτή προς την αυλή, μεγαλοπρεπής, που μαζί με τα δωμάτια στα δυτικά της σχετίζεται με τελετουργίες, η "κρύπτη των πεσσών" με τον προθάλαμό της που κι αυτή είχε θρησκευτικό χαρακτήρα, και ανάμεσά τους το μεγάλο κλιμακοστάσιο που οδηγούσε στον όροφο. Μια ακόμα μεγάλη κλίμακα που χρησίμευε ίσως και σαν θεατρικός χώρος βρίσκεται στα ΝΔ της κεντρικής αυλής, δίπλα στον περίφημο κέρνο των Μαλίων.

Στη νότια πτέρυγα, που ήταν κι αυτή διόροφη, περιλαμβάνονται χώροι κατοικίας ή φιλοξενίας, μικρό ιερό και η μνημειώδης πλακόστρωτη νότια είσοδος του ανακτόρου που οδηγούσε κατ' ευθείαν στην κεντρική αυλή.

Τη ΝΔ γωνία του ανακτορικού συγκροτήματος καταλαμβάνουν οκτώ κυκλικές κατασκευές που χρησίμευαν για την αποθήκευση σιτηρών (σιτοβολώνες).

Την ανατολική πτέρυγα καταλαμβάνουν σχεδόν εξ' ολοκλήρου αποθήκες υγρών με πεζούλια, όπου τοποθετούνται οι πίθοι και σύστημα αυλακιών και συλλεκτήρων.

Πίσω από τη βόρεια στοά της κεντρικής αυλής βρίσκεται η υπόστυλη αίθουσα και ο προθάλαμός της. Οι χώροι αυτοί στήριζαν στον όροφο αίθουσα ίδιων διαστάσεων που αναγνωρίσθηκε ως αίθουσα τελετουργικών συμποσίων. Δυτικά των χώρων αυτών, πλακόστρωτος διάδρομος συνδέει την κεντρική αυλή με τη βόρεια, η οποία περιβάλλεται από εργαστήρια και αποθήκες, και τη ΒΔ αυλή ή αυλή του πύργου. Δυτικά απ' αυτήν εκτείνονται οι επίσημοι χώροι που στο κέντρο έχουν την αίθουσα ακροάσεων με τα τυπικά μινωικά πολύθυρα και, πίσω απ΄αυτήν, την δεξαμενή καθαρμών.

Γύρω από το ανάκτορο εκτείνεται η μινωική πόλη, από τις σημαντικότερες της Κρήτης.

Βόρεια της δυτικής αυλής βρίσκεται η δυσερμήνευτη "υπόστυλη κρύπτη", που σχετίσθηκε με τα πρυτανεία των Ελληνικών χρόνων και η αγορά. Συνοικίες και μεμονωμένα σπίτια της πόλης έχουν ήδη ανασκαφεί, με σημαντικότερη τη συνοικία Ζ, τις οικίες Ε, Δα και Δβ και τη σημαντικότατη συνοικία Μ, που ανήκει στην εποχή των πρώτων ανακτόρων, καταλαμβάνει έκταση 3000 τ.μ. περίπου και αποτελεί το σπουδαιότερο σύνολο της παλαιοανακτορικής εποχής στην Κρήτη. Χώροι τελετουργικοί, επίσημοι, αποθηκευτικοί, παρασκευαστήρια και διάφορα εργαστήρια αναγνωρίσθηκαν στα ασυνήθιστα εκτεταμένα κτήρια της συνοικίας αυτής, που φαίνεται πως διατηρούσε λειτουργίες παράλληλες με αυτές του ανακτόρου.

Κοντά στη βόρεια ακτή, ΒΑ του ανακτόρου, ανασκάφηκε η Παλαιοανακτορική νεκρόπολη με σημαντικότερο το μεγάλο ταφικό συγκρότημα του Χρυσόλακκου, στο οποίο βρέθηκε το περίφημο χρυσό κόσμημα των μελισσών.