Ο χώρος του Ασκληπιείου είναι διαμορφωμένος σε τρία συνεχόμενα άνδηρα, που συνδέονται μεταξύ τους με μνημειακές επιβλητικές κλίμακες. Η πρόσβαση στο ιερό γινόταν από μια εντυπωσιακή κλίμακα μέσω ενός μεγάλου τετράστυλου προπύλου, το οποίο οδηγούσε στο κατώτερο άνδηρο, ένα είδος αυλής ή πλατείας, που ήταν ο χώρος της θεραπείας των ασθενών. Το άνδηρο πλαισιωνόταν στη βόρεια, δυτική και ανατολική πλευρά από δωρική στοά σε σχήμα Π, ελληνιστικής εποχής (3ου αι. π.X.), από την οποία σήμερα είναι ορατά μόνο τα θεμέλια. Στο πίσω μέρος της ανοίγονταν δωμάτια και βοηθητικοί χώροι για τους προσκυνητές και τους ασθενείς. Η νότια πλευρά του ανδήρου ορίζεται από τον αναλημματικό τοίχο που συγκρατεί το δεύτερo άνδηρο. Στον τοίχο αυτό δημιουργήθηκαν κατά τους ρωμαϊκούς χρόνους κόγχες, όπου είχαν τοποθετηθεί αγάλματα, κρήνες με ιαματικά νερά και δεξαμενές νερού, μία από τις οποίες περιλαμβάνει μέχρι και σήμερα πηγή και δεξαμενή. Από αυτές τις κρήνες γινόταν η τροφοδοσία του ιερού με νερό, που ερχόταν από δύο πηγές, το Κοκκινόνερο, στα νοτιοδυτικά του Ασκληπιείου, με το σιδηρούχο νερό, και τη Βούριννα, στα νοτιοανατολικά, η οποία μέχρι σήμερα τροφοδοτεί την πόλη. Νερό πρέπει να κυλούσε και στα μαρμάρινα ρείθρα κατά μήκος των στοών, προσδίδοντας στο χώρο της αίσθηση δροσιάς. Ο τοίχος διακόπτεται από την κλίμακα ανόδου στο μεσαίο άνδηρο. Δυτικά της σώζεται κόγχη με ναόσχημη πρόσοψη, όπου υπάρχει ενεπίγραφη βάση αγάλματος, ίσως του Νέρωνα, το οποίο είχε αναθέσει στο ιερό ο διάσημος Kώος γιατρός Γάιος Στερτίνιος Ξενοφώντας. Στα άκρα του αναλημματικού τοίχου σχηματίζονταν δύο πλατιές δίοδοι στο κατώτερο άνδηρο, καθώς τα πλευρικά άκρα της στοάς δεν έφθαναν μέχρι τον τοίχο. Στο δυτικό άκρο της στοάς σώζονται τουαλέτες, οι λεγόμενες βεσπασιανές, που χρονολογούνται στον 1ο αι. μ.X., ενώ στα ανατολικά της στοάς αποκαλύφθηκε ένα συγκρότημα ρωμαϊκών θερμών του 3ου αι. μ.X., που αποτελείται από τρεις αίθουσες με αψίδες στις στενές πλευρές, για τα ψυχρά και τα θερμά λουτρά, όπου σώζονται υπολείμματα τοιχογραφιών και ψηφιδωτών δαπέδων.

Στο μεσαίο άνδηρο βρίσκονται τα κτίσματα που εξυπηρετούσαν κυρίως τις λατρευτικές ανάγκες του ιερού, τοποθετημένα στο χώρο με χαλαρή και ελεύθερη διάταξη. Κεντρική θέση κατέχουν τα λείψανα του μεγάλου βωμού του Ασκληπιού, ο οποίος κατασκευάσθηκε αρχικά στα μέσα του 4ου αι. π.X. και αποτελεί το παλαιότερο κτίσμα του ιερού. Ο γλυπτός του διάκοσμος, από τον οποίο δεν σώζεται σχεδόν τίποτα, θεωρείται ότι ήταν έργο των γιων του Πραξιτέλη. Δυτικά του βωμού βρίσκεται ένας ιωνικός ναός δίστυλος εν παραστάσι (στην πρόσοψη στοά από δύο κίονες ανάμεσα σε παραστάδες), αφιερωμένος στον Aσκληπιό, του 3ου αι. π.X. Σώζεται η βάση του λατρευτικού αγάλματος καθώς και λάκκος στο δάπεδο του σηκού, που έχει ερμηνευθεί σύμφωνα με επιγραφικές μαρτυρίες με το θησαυρό του ναού, το μέρος δηλαδή όπου φυλάσσονταν τα χρήματα και τα ιερά σκεύη του ιερού. Nότια του ναού είναι κτισμένο διμερές οικοδόμημα με δωρικό τετράστυλο πρόδομο, που θεωρείται κατοικία των ιερέων ή «άβατο», δηλαδή το μέρος όπου κατακλίνονταν οι ασθενείς περιμένοντας τη θεραπεία του θεού. Ανατολικότερα σώζεται μια ημικυκλική εξέδρα για τοποθέτηση αγαλμάτων, μία κρήνη και ένας ρωμαϊκός περίπτερος ναός του 2ου αι. μ.X., κορινθιακού ρυθμού, αφιερωμένος πιθανώς στον Απόλλωνα, πατέρα του Ασκληπιού και παλαιότερο κάτοχο του ιερού.

Ανάμεσα στο άβατο και την εξέδρα υπάρχει η μνημειώδης κλίμακα που οδηγεί στο τρίτο, ανώτερο άνδηρο. Εδώ δέσποζε ο μεγάλος δωρικός ναός του Aσκληπιού, του 2ου αι. π.X., αντίγραφο του ναού της Eπιδαύρου. Η είσοδός του βρισκόταν ακριβώς απέναντι από την κορυφή της κλίμακας. Στον πρόναό του κατά τους πρώτους χριστιανικούς χρόνους κτίσθηκε εκκλησία με το όνομα Παναγία Τάρσου, από την οποία σώζεται σήμερα μόνο ένα κιονόκρανο που χρησίμευε ως Αγία Τράπεζα. Tο άνδηρο κλείνει νότια, δυτικά και ανατολικά μία δωρική στοά σε σχήμα Π, που χρονολογείται στο 2ο αι. π.Χ. και διέθετε δωμάτια στο πίσω μέρος για τους προσκυνητές και τους ασθενείς.