Σημαντικότερα μνημεία και αρχιτεκτονικά σύνολα της περιοχής θεωρούνται:

Ξεστή 3: Μεγάλο, διώροφο τουλάχιστον, κτήριο με 14 δωμάτια σε κάθε όροφο. Πολλά από τα δωμάτια συνδέονται μεταξύ τους με πολύθυρα και είναι τοιχογραφημένα. Σε ένα από αυτά υπάρχει "δεξαμενή καθαρμών", χώρος που θεωρείται ιερός. Οι πιο ενδιαφέρουσες από τις τοιχογραφίες είναι εκείνες των Κροκοσυλλεκτριών και του Βωμού. Η πρώτη απεικονίζει τρεις γυναίκες σε αγρό με ανθισμένους κρόκους και ένα βωμό, ενώ η δεύτερη γυναίκες που μαζεύουν κρόκους και τους προσφέρουν σε καθιστή θεότητα πλαισιωμένη από πίθηκο και γρύπα. Οι αρχιτεκτονικές ιδιορρυθμίες του κτηρίου και τα θέματα των τοιχογραφιών οδηγούν στο συμπέρασμα ότι στην Ξεστή 3 τελούνταν κάποιες τελετές.

Τομέας Β: Ο τομέας Β περιλαμβάνει πιθανότατα δύο ξεχωριστά κτήρια προσκολλημένα το ένα στο άλλο. Από τον όροφο του δυτικού κτηρίου προήλθαν οι τοιχογραφίες των Αντιλοπών και των Πυγμάχων. Από το ανατολικό κτήριο προήλθε η τοιχογραφία των Πιθήκων, μία σύνθεση με πιθήκους να σκαρφαλώνουν σε βράχους στις όχθες ενός ποταμού.

Δυτική οικία: Η Δυτική οικία είναι ένα σχετικά μικρό αλλά καλά οργανωμένο κτήριο. Στο ισόγειο υπάρχουν αποθήκες τροφίμων, εργαστηριακοί χώροι, μαγειρείο και εγκατάσταση μυλώνα. Ο πρώτος όροφος καταλαμβάνεται από ένα ευρύχωρο δωμάτιο, όπου ήταν εγκατεστημένοι αργαλειοί, μία αποθήκη σκευών και τροφίμων, ένα αποχωρητήριο, και από δύο συνεχόμενους τοιχογραφημένους χώρους. Από αυτούς, ο ένας διακοσμείται με τις δύο τοιχογραφίες των Ψαράδων, την τοιχογραφία της Ιέρειας και τη διάσημη μικρογραφική ζωφόρο του Στόλου που περιτρέχει τους τέσσερις τοίχους του. Η ζωφόρος απεικονίζει ένα στόλο που επισκέπτεται παράλιες πόλεις, η τελευταία από τις οποίες ταυτίζεται με το ίδιο το Ακρωτήρι. Ο άλλος χώρος διακοσμείται με τις οκτώ τοιχογραφίες των Θαλαμίσκων Πλοίων. Πρόκειται για μία λεπτομέρεια της μικρογραφικής ζωφόρου που επαναλαμβάνεται οκτώ φορές με μικρές παραλλαγές στους τοίχους του.

Συγκρότημα Δ: Το Συγκρότημα Δ αποτελείται από τέσσερα κτήρια. Ενα δωμάτιο του ανατολικού κτηρίου βρέθηκε διακοσμημένο με την τοιχογραφία της Ανοιξης. Εδώ ο ζωγράφος απέδωσε με ιδιαίτερη ευαισθησία ένα βραχώδες τοπίο με ανθισμένους ερυθρούς κρίνους ανάμεσα στους οποίους πετούν χελιδόνια. Στο ίδιο κτήριο βρέθηκαν πρόσφατα πινακίδες της Γραμμικής Α γραφής. Ολα τα κτήρια του Συγκροτήματος Δ έδωσαν σπουδαία κινητά ευρήματα, όπως άφθονη εισηγμένη κεραμεική και πολύτιμα λίθινα και μεταλλικά αντικείμενα.

Οικία των Γυναικών: Στο κτήριο αυτό βρέθηκε η τοιχογραφία των Γυναικών και των Παπύρων στην οποία οφείλει και το όνομά του. Πρόκειται για ένα μεγάλο διώροφο οικοδόμημα, το πιο ενδιαφέρον αρχιτεκτονικό στοιχείο του οποίου είναι ο φωταγωγός στο κέντρο του.

Ξεστή 4 : Η Ξεστή 4 είναι ένα μεγαλόπρεπο τριώροφο οικοδόμημα, το μεγαλύτερο που ανασκάφηκε ως τώρα. Ολες του οι όψεις είναι επενδυμένες με λαξευτούς ορθογώνιους όγκους τόφου. Τα θραύσματα των τοιχογραφιών που ήλθαν στο φως ως σήμερα ανήκουν σε μία σύνθεση που στόλιζε το κλιμακοστάσιο της εισόδου και απεικονίζουν πομπή δωροφόρων ανδρών σε φυσικό μέγεθος να ανεβαίνουν σε βαθμίδες κλίμακας. Πρόκειται πιθανότατα για δημόσιο κτήριο, όπως αποδεικνύουν το ασυνήθιστα μεγάλο του μέγεθος, η εντυπωσιακή εξωτερική του εμφάνιση και ο τοιχογραφικός του διάκοσμος.

Ευρήματα απο τις ανασκαφές στο Ακρωτήρι εκτιθενται στο Μουσείο Προϊστορικής Θήρας.