Το Αμφιάρειο είναι κτισμένο στις όχθες ενός χειμάρρου, της Χαράδρας, όπως την έλεγαν οι αρχαίοι. Στην αριστερή όχθη βρίσκονται τα επίσημα οικοδομήματα, ο ναός, ο βωμός, η στοά, το θέατρο και στη δεξιά απλώνεται η κατοικίδια συνοικία. Στην κατοικίδια συνοικία, εκτός από γραφεία, καταστήματα και ξενοδοχεία, βρίσκονταν η αγορά και η Κλεψύδρα (υδραυλικό ρολόι). Σήμερα σώζονται τα ερείπια των κτισμάτων του ιερού.

Η είσοδος του ιερού γινόταν στα αρχαία χρόνια από την ανατολική του άκρη όπου βρίσκονται και τα επίσημα κτήρια του ιερού. Το πρώτο κτίσμα που αντικρίζει ο επισκέπτης κατευθυνόμενος προς τα δυτικά είναι τα λουτρά του ιερού. Πρόκειται για τετράγωνο κτήριο του 4ου αι. που δε σώζεται σε καλή κατάσταση. Από αρχαίους συγγράφείς γνωρίζουμε ότι τα λουτρά ήταν φημισμένα κατά την αρχαιότητα και επισκίαζαν ακόμη και τη φήμη του ιερού.

Στα δυτικά των λουτρών βρίσκονται τα ερείπια της «μεγάλης στοάς του ιερού? του 4ου αι και αυτή. Η στοά είναι κτίσμα του 4ου αι. π.Χ. και έχει μήκος 110μ. Στα άκρα της ανατολικό και δυτικό, υπάρχουν δύο δωμάτια, όπου γινόταν η εγκοίμηση όσων ζητούσαν χρησμό από τον Αμφιάραο.

Πίσω από τη ''μεγάλη στοά του ιερού'' βρίσκεται το θέατρο. Το θέατρο με αναστηλωμένη την κιονοστοιχία του προσκηνίου, χρονολογείται στο 2ο αι. π.Χ. Πέντε μαρμάρινοι θρόνοι, στην περιφέρεια της ορχήστρας χρονολογούνται στον 1ο αι. π.Χ. και προορίζονταν για τους ιερείς και τους επίσημους θεατές των θεατρικών δρώμενων. Ένας από αυτούς τους θρόνους σώζεται ακέραιος.

Δυτικά της στοάς βρίσκεται η σειρά των βάθρων των αγαλμάτων, που πλαισίωναν το δρόμο που οδηγούσε στο ναό.

Εμπρός από τα τελευταία βάθρα βρίσκονται τα ερείπια του ''μεγάλου βωμού του ιερού''. Σώζεται μόνο το κάτω μέρος του. Στα αρχαία χρόνια ο βωμός ήταν μνημειακών διαστάσεων.

Προς τη βόρεια πλευρά του βωμού βρίσκονται τα λείψανα τριών ημικυκλικών σκαλιών. Σύμφωνα με επιγραφή του ιερού τα σκαλιά ανήκαν σε κτίσμα που ονομαζόταν μάλιστα Θέατρο το κατά τον βωμόν. Το θέατρο που χρονολογείται στον 5ο ή στον 4ο αι. π.Χ. προορίζόταν για τους θεατές των θυσιών που γίνονταν στο βωμό. Στο σημείο όπου στέκεται το τελευταίο βάθρο σώζονται σε αρκετό ύψος οι τοίχοι ενός μικρού ναού του 4ου αι. π.Χ.

Νοτιοδυτικά του βωμού ήταν κτισμένος ο μεγάλος ναός του ιερού που ήταν αφιερωμένος στον Αμφιάραο. Το ναό που έχει διαστάσεις 38 Χ 14μ. αποτελούσαν ο πρόδομος και ο σηκός. Στον πίσω τοίχο του σηκού υπήρχε μια πόρτα που οδηγούσε σε ένα μικρό δωμάτιο που χρησίμευε ίσως ως θησαυροφυλάκειο του ιερού ή είχε κάποια σχέση με τη λατρεία. Σήμερα σώζεται το άνοιγμα και το κατώφλι αυτής της πόρτας. Το κτίσμα ήταν δωρικού ρυθμού και κτίστηκε τον 4ο αιώνα π.Χ

Στα νότια του βωμού βρίσκεται η ιερή πηγή που το νερό της δεν επιτρεπόταν να χρησιμοποιηθεί για καθαρμούς ή για πλύσιμο χεριών. Όταν κανείς θεραπευόταν έριχνε μέσα στην πηγή ασημένια ή χρυσά νομίσματα γιατί από εκεί πίστευαν ότι βγήκε ο Αμφιάραος ως θεός μετά την καταβύθιση του στη γη από τον κεραυνό του Δία. Το νερό αναβλύζει σήμερα από μια δεξαμενή των ρωμαϊκών χρόνων.

Δίπλα από την πηγή υπήρχαν αντρικά λουτρά από τα οποία σώζονται μόνο μια δεξαμενή, δύο μεγάλες λεκάνες, το δάπεδο και το κάτω μέρος των τοίχων μερικών δωματίων των λουτρών.

Στην άλλη όχθη του ποταμού υπήρχαν κατοικίες και εγκαταστάσεις που ήταν αναγκαίες για τη λειτουργία του ιερού. Ο ξενώνας, στα νοτιοδυτικά η αγορά που περιστοιχίζεται από κολόνες, το μακρόστενο κτήριο στη βορειοανατολική πλευρά της που ίσως ήταν το αγορανομίο. Κοντά στην όχθη του ποταμού υπήρχε ένα μικρό υπόγειο κτίσμα η Κλεψύδρα που διαθέτει εξωτερικά μια στενή σκάλα και έναν διάδρομο. Στο κάτω μέρος της βρίσκεται κρουνός από τον οποίο άδειαζε με πολύ αργό ρυθμό το νερό. Η Κλεψύδρα χρησίμευε ως μεγάλο υδραυλικό ρολόι για το ιερό.