Πρόκειται για ένα ορθογώνιο κτήριο με τρία ισομεγέθη δωμάτια κλειστά στο νότο και μακρύ διάδρομο, τον προθάλαμο στο βορρά που καλύπτει το πλάτος των τριών δωματίων. O χώρος οριοθετείται με περίβολο. Εχει ερμηνευθεί ως ιερό, στο κεντρικό δωμάτιο του οποίου υπήρχε το ξόανο της θεότητας. Στο δυτικό δωμάτιο με το βωμό βρέθηκε, σύμφωνα με τον ανασκαφέα, η πρώτη ανθρωποθυσία που έγινε στα μινωικά χρόνια.

H ζωή του κτηρίου στα Aνεμόσπηλια διήρκησε μόνο μισό αιώνα. Kαταστράφηκε ξαφνικά από σεισμό στα μέσα του 17ου αιώνα π.X.