Ο αρχαιολογικός χώρος των Αρχανών περιλαμβάνει δύο τομείς: τον τομέα που βρίσκεται μέσα στη σημερινή κωμόπολη, όπου εκτείνεται το ανακτορικό συγκρότημα και ο οικισμός, και τον τομέα στο λόφο Φουρνί, βόρεια των Αρχανών, όπου αποκαλύφτηκε μια από τις σημαντικότερες νεκροπόλεις της Κρήτης.

Οι Αρχάνες περιβάλλονταν από μικρότερους οικισμούς ή μεμωνομένα κέντρα. Ο μινωικός οικισμός καταλαμβάνει την έκταση της σημερινής κωμόπολης, ενώ το κεντρικό κτήριο, το μινωικό ανάκτορο, είναι ίσο σε μέγεθος με άλλα ανακτορικά συγκροτήματα της Κρήτης. Αρχιτεκτονικά λείψανα έχουν αποκαλυφτεί σε διάφορες θέσεις, όπως η θέση Τρούλλος στις ανατολικές παρυφές των Αρχανών, η θέση Αγία Τριάδα στις ανατολικές υπώρειες του Γιούχτα, ενώ σε άλλες θέσεις έχει βρεθεί κεραμική, ειδώλια και διάφορα άλλα αντικείμενα που αποδεικνύουν την κατοίκησή τους. Στην ευρύτερη περιοχή των Αρχανών επισημάνθηκαν διάφορα αρχιτεκτονικά λείψανα, που φανερώνουν την ύπαρξη μικρών οικισμών. Οι σπουδαιότεροι από αυτούς είναι στη θέση Βιτσίλα, δυτικά του Γιούχτα, και στη θέση Καρυδάκι, βορειοδυτικά των Αρχανών. Τέλος, νότια από τις Αρχάνες, περίπου 4 χιλ., στη θέση Πίσω Λιβάδια, αποκαλύφτηκε μια σημαντική μινωική έπαυλη, η έπαυλη του Βαθυπέτρου, η οποία έχει τα χαρακτηριστικά ενός μικρού ανακτόρου και ίσως ήταν η οικία κάποιου τοπάρχη.

Το ανακτορικό συγκρότημα των Αρχανών εκτείνεται σε τέσσερα, μέχρι σήμερα ερευνημένα σημεία της κωμόπολης: στην Τουρκογειτονιά, όπου βρίσκεται ο πυρήνας του μινωικού κέντρου, στη Δεξαμενή, βορειοδυτικά της τουρκογειτονιάς, στο Θεατρικό χώρο και στο χώρο του Αρχείου. Οι χώροι της Δεξαμενής και του Αρχείου δεν είναι σήμερα ορατοί, καθώς έχουν καλυφτεί από σπίτια.

Το ανασκαμμένο τμήμα του ανακτόρου διαθέτει κεντρική αυλή με εξέδρα και βωμό, μνημειακή είσοδο, διάφορα δωμάτια, κλιμακοστάσιο, φωταγωγό, ιερούς χώρους, διαμερίσματα διαμονής και εργαστήρια, που βρίσκονταν πιθανόν δυτικότερα του δυτικού τομέα (κεραμικοί τροχοί). Βόρεια του κεντρικού πυρήνα του ανακτόρου (θέση Δεξαμενή) αποκαλύφτηκε από τον Evans υπόγεια δεξαμενή, που τροφοδοτούσε το ανάκτορο με νερό. Στα νοτιοανατολικά του ανακτόρου ήρθε στο φως ο θεατρικός χώρος, ενώ στα νοτιοδυτικά του κεντρικού πυρήνα το αρχείο, όπου βρέθηκαν κεραμική και πινακίδες Γραμμικής Α γραφής.

Στα βορειοδυτικά των Αρχανών, ανάμεσα στις Επάνω και Κάτω Αρχάνες, δεσπόζει ο λόφος Φουρνί, όπου αποκαλύφτηκαν συνολικά 26 κτήρια, τα περισσότερα ταφικά. Η μινωική νεκρόπολη είχε ιδρυθεί στο νότιο, στο ανατολικό τμήμα και στην κορυφή του λόφου. Η πρόσβαση γινόταν από το νότο. Τον ίδιο προσανατολισμό διέθεταν όλα τα ταφικά οικοδομήματα. H χρήση του νεκροταφείου χρονολογείται από το 2400 έως το 1200 π.X. Tα περισσότερα ταφικά κτήρια χρησιμοποιήθηκαν για πολλές δεκαετίες και χαρακτηρίζονται από τις αλλεπάλληλες ταφές. Kάθε συγκρότημα έχει παραπάνω από μία χρονικές φάσεις. Tα περισσότερα κτήρια σώζονται σε καλή κατάσταση.

Τα σημαντικότερα μνημεία της νεκρόπολης είναι τα παρακάτω: ο «μυκηναϊκός ταφικός περίβολος? στο βόρειο τμήμα, ο «θολωτός τάφος? που ανήκει στο πρώτο μισό του 14ου αι. π.Χ. με μια ασύλητη βασιλική ταφή, το «κτήριο 4?, το λεγόμενο και «κοσμικό? που βρίσκεται στο κέντρο σχεδόν της ανατολικής πλευράς του νεκροταφείου, ο «θολωτός τάφος B?, το μεγαλύτερο και πλέον πολύπλοκο οικοδόμημα της νεκρόπολης, το «ταφικό κτήριο 6? (οστεοφυλάκιο), το «ταφικό κτήριο 3?, που είναι αξιοπρόσεκτο λόγω της καλής διατήρησης του, ο υπέργειος «θολωτός τάφος Γ?, το «ταφικό κτήριο 19? το μοναδικό αψιδωτό ταφικό κτίσμα σε όλη την Κρήτη, ο «θολωτός τάφος E? που είναι ο αρχαιότερος της νεκρόπολης και τέλος ο «θολωτός τάφος Δ? όπου αποκαλύφτηκε μια γυναικεία ταφή με πλούσια κτερίσματα που χρονολογείται στο 14ο αι. π.Χ.