Πλήθος σωστικών και λιγότερες συστηματικές ανασκαφές στην περιοχή των αρχαίων Θηβών έφεραν στο φως άφθονα στοιχεία για την ιστορία και την τέχνη της πόλης. Ομως η συνεχής κατοίκηση και η παρουσία μιας δυναμικής σύγχρονης πόλης πάνω από τα αρχαία λείψανα κατέστησαν αδύνατη την πλήρη έρευνα της θέσης. Η κατοίκηση άρχισε στα Νεολιθικά χρόνια (Πυρί) και ο οικισμός ήταν ήδη ισχυρός στην Πρωτοελλαδική (3000 - 2000 π.Χ) και Μεσοελλαδική περίοδο (2000 - 1600 π.Χ). Η πόλη έφθασε σε ύψιστο σημείο μαγαλείου και δύναμης στην Μυκηναϊκή περίοδο (1600-1100 π.Χ.). Η Θήβα ήταν μία αξιόλογη πόλη στα γεωμετρικά και αρχαϊκά χρόνια και στην κλασική περίοδο κέρδισε την "ηγεμονία" της Ελλάδας (371-362 π.Χ.) Μετά την μάχη της Χαιρώνειας (338 π.Χ.) και την πλήρη καταστροφή της από τους Μακεδόνες (335 π.Χ.), η Θήβα ουδέποτε ανέκτησε την παλαιότερη δόξα και δύναμή της.

Πριν το 1900 σποραδικές ανασκαφές έλαβαν χώρα στην περιοχή των Θηβών. Μεταξύ 1906 και 1929 ο Α. Κεραμόπουλλος ανέσκαψε μέρος του μυκηναϊκού ανακτόρου και των οχυρώσεων της Καδμείας, πολλούς μυκηναϊκούς θαλαμοειδείς τάφους και τον ναό του Ισμηνίου Απόλλωνος. Ο Ν. Πλάτων και η Ε. Τουλούπα (1963-5) και αργότερα άλλα μελη της Αρχαιολογικής Υπηρεσίας ανέσκαψαν νέα σπουδαία λείψανα του μυκηναϊκού διοικητικού κέντρου και τμήματα της κάτω πόλης των αρχαίων και μεσαιωνικών χρόνων. Κατά το 1993-95 αποκαλύφθηκε σημαντικός αριθμός (περίπου 250) πινακίδων σε Γραμμική Β γραφή κάτω από την οδό Πελοπίδου ("οπλοθήκη").

Στερεωτικές εργασίες στη Θήβα άρχισαν για πρώτη φορά το 1994 με την στερέωση - αναστήλωση του μνημειώδους θαλαμοειδούς τάφου "των Οιδίποδος Παίδων" στα Καστέλλια. Οι εργασίες συνεχίζονται και θα ολοκληρωθούν στα επόμενα χρόνια.