Σε απόσταση περίπου 500μ. από το κέντρο του χωριού Μαυρομάτι, δυτικά του δημόσιου επαρχιακού δρόμου, που οδηγεί από αυτό προς την Αρκαδική Πύλη, βρίσκεται το τοπικό Αρχαιολογικό Μουσείο. Το μικρό, διώροφο κτίριο κτίστηκε μεταξύ των ετών 1968 και 1972 σε οικόπεδο που δώρισε στην Αρχαιολογική Εταιρεία ο ομογενής Δ. Λατζούνης. Η απλή αρχιτεκτονική μορφή του Μουσείου βασίστηκε στις οδηγίες του αρχιτέκτονα - αρχαιολόγου και ανασκαφέα του Ασκληπιείου ακαδημαϊκού Αναστασίου Ορλάνδου.

Το Μουσείο φιλοξενεί ευρήματα από τις ανασκαφές που πραγματοποίησαν στη Μεσσήνη ο Θεμιστοκλής Σοφούλης (1895), ο Γεώργιος Οικονόμος (1905 και 1926) και ο Αναστάσιος Ορλάνδος (1957-1975). Επίσης στεγάζει σημαντικά και αντιπροσωπευτικά ευρήματα της νεώτερης συστηματικής αρχαιολογικής έρευνας, που ξεκίνησε το 1987 και συνεχίζεται μέχρι σήμερα από τον καθηγητή Πέτρο Θέμελη και ομάδα επιστημόνων -συνεργατών του.

Ο όροφος του Μουσείου περιλαμβάνει τρεις εκθεσιακούς χώρους σε σχήμα Γ (αίθουσες Α, Β, Γ) και εξώστη. Στο αίθριο του Μουσείου και στα υπόστεγα φυλάσσονται αρχιτεκτονικά μέλη και ενεπίγραφα βάθρα. Στο ισόγειο βρίσκονται αποθηκευτικοί χώροι, εργαστήρια συντήρησης και χώροι υγιεινής.

Η επιμέλεια της πρώτης έκθεσης των γλυπτών και άλλων ευρημάτων από τις ανασκαφές των Σοφούλη, Οικονόμου και Ορλάνδου πραγματοποιήθηκε το 1977 από τον τότε καθηγητή του Πανεπιστημίου Θεσσαλονίκης Γεώργιο Δεσπίνη, αλλά δεν λειτούργησε ποτέ για το κοινό. Μετά από εκτεταμένες εργασίες ανακαίνισης και επισκευής (1992-1998) οριστικοποιήθηκε η εκθεσιακή - μουσειολογική εικόνα των αιθουσών του Μουσείου από τον ανασκαφέα καθηγητή Πέτρο Θέμελη, και το Μουσείο άνοιξε τις πύλες του τον Μάρτιο του 2000.

Μέσα από σημαντικά έργα γλυπτικής, στα οποία προστέθηκαν από το 1987 μέχρι σήμερα πέντε ακόμη αξιόλογα μαρμάρινα αγάλματα, αλλά και από άλλα αντιπροσωπευτικά εκθέματα, ο σημερινός επισκέπτης μπορεί να αντιληφθεί τη σημασία και τον ιστορικό ρόλο που διαδραμάτισε η Αρχαία Μεσσήνη ως πολιτικό και καλλιτεχνικό κέντρο του αρχαίου ελληνικού κόσμου.

Το μαρμάρινο άγαλμα του Ερμή δεσπόζει στην Αίθουσα Α του Αρχαιολογικού Μουσείου. Το μέγεθός του υπερβαίνει το φυσικό και υπολογίζεται στα 2,07μ. μαζί με την συμφυή πλίνθο. Αποκαλύφθηκε σχεδόν ακέραιο στο χώρο ΙΧ της δυτικής στοάς του Γυμνασίου μαζί με το βάθρο του, το 1996. Φαίνεται ότι εκεί είχε μεταφερθεί από άλλο παρακείμενο χώρο, όταν ανακαινίστηκε το Γυμνάσιο, τον 1ο αι. μ.Χ. Πρόκειται για άριστα διατηρημένο Ρωμαϊκό αντίγραφο του 1ου αι. μ. Χ. από πρωτότυπο έργο του 4ου αι. π. Χ., δηλαδή για μοναδική παραλλαγή του γενικού τύπου του Ερμή. Η εικόνα του θεού ταυτίζεται με κάποιον άγνωστο σε μας αφηρωισμένο Μεσσήνιο νεκρό.

O μαρμάρινος κορμός του γυμνού ανδρικού αγάλματος, που εκτίθεται σε εξέχουσα θέση στην Αίθουσα Α του Αρχαιολογικού Μουσείου, αποκαλύφθηκε στο χώρο ΙΙΙ του Γυμνασίου της Μεσσήνης το 1995, πεσμένος μπροστά στο βάθρο του. Αποτελεί άριστης τέχνης αντίγραφο του 1ου αι. π. Χ. φημισμένου πρωτοτύπου του 5ου αι. π. Χ., έργου του Αργείου γλύπτη Πολυκλείτου. Είχε στηθεί κάπως πρόχειρα πάνω σε προγενέστερο βάθρο, στο οποίο είχαν ανιδρυθεί χάλκινοι ανδριάντες. Η κατασκευή και ανέγερσή του φαίνεται πως πραγματοποιήθηκε στα χρόνια του Αυγούστου. Το γλυπτό δηλαδή είναι σύγχρονο με την αναδιάταξη στο χώρο του Γυμνασίου της πόλης, την αναζωπύρωση του θεσμού της εφηβείας και την κατασκευή του μνημειώδους τετρακιόνιου δωρικού Προπύλου στα χρόνια αυτά.