Το ιερό των Καβείρων τοποθετείται 8 χλμ. δυτικά της Θήβας. Ηταν αφιερωμένο σε δύο θεότητες άγνωστης προέλευσης, τον Κάβειρο και τον Παίδα, στους οποίους η Δήμητρα αποκάλυψε κάποιες μυστικές τελετές που αποσκοπούσαν την ενίσχυση της παντοειδούς γονιμότητας (καρπών, ζώων, ανθρώπων). Οι Κάβειροι λατρεύονταν ως προστάτες του αμπελιού και της ευγονίας των ζώων, γι'αυτό και βρέθηκαν εκεί πάνω από 1400 ζωϊκές απεικονίσεις ταύρων. Η λατρεία στο ιερό αρχίζει τουλάχιστον από την αρχαϊκή περίοδο (700-500 π.Χ.) και συνεχίζεται αδιάσπαστη ως τα ρωμαϊκά μεταχριστιανικά χρόνια (4ος αιώνας. μ.Χ.). Τυπική είναι ακόμη και η κεραμεική του ιερού, κυρίως κάνθαροι, που διακοσμούνται με γκροτέσκες μορφές. Η εύρεση ωστόσο λιγοστών νεολιθικών οστράκων (6000-3000 π.Χ.) κάτω από το ναό αποδεικνύει μία ακόμη πρωιμότερη κατοίκηση στο χώρο, προτού αυτός μετατραπεί σε θρησκευτικό κέντρο.

Το ιερό αποκαλύφθηκε τυχαία το 1887, όταν μολύβδινα ειδώλια ταύρων που προέρχονταν από την περιοχή βρέθηκαν να πωλούνται στην αγορά της Αθήνας. Η ανασκαφή του Καβειρείου έγινε το 1888-9 από το Γερμανικό Αρχαιολογικό Ινστιτούτο υπό τους P. Wolters, W. Doerpfeld, W. Judeich, H. Winnefeld, F. Winter ενώ η G. Bruns συνέχισε το 1956, 1959, 1962 και 1964-6. Μικρή συμπληρωματική ανασκαφή έγινε το 1971.

Στο διάστημα 1993-94 έγιναν στερεωτικές εργασίες στον κτιστό περίβολο του θεατρικού κοίλου που κινδύνευε από κατολίσθηση από τα νερά της βροχής. Το 2014 ξεκίνησαν εργασίες καθαρισμού και εκ νέου αποκάλυψης των μνημείων με τη σύναψη Προγραμματικής Σύμβασης με την Περιφέρεια Στερεάς Ελλάδας, καθώς το μεγαλύτερο τμήμα της παλαιάς ανασκαφής παρέμενε κάτω από νεώτερες προσχώσεις του παρακείμενου ρέματος. Οι εργασίες το 2014 απεκάλυψαν εκ νέου τον βωμό και τις κατώτερα έδρανα του θεάτρου.