Στην Πρωτοελλαδική περίοδο 1 χρονολογούνται τα παλαιότερα κεραμεικά ευρήματα στο χώρο. Υπάρχουν οι γνωστοί τύποι, όπως οι ταινιοειδείς λαβές και αποφύσεις, οι ψευδολαβές, τα χαρακτηριστικά χείλη τριγωνικής διατομής και το παχύ ερυθρό επίχρισμα. Μία ομάδα κεραμεικής που προήλθε από το κτήριο 1 χρονολογείται στο πρώιμο στάδιο της Πρωτοελλαδική περίοδο 2. Πρόκειται για όστρακα με σχετικά καθαρό και εύθρυπτο πηλό που φέρουν ερυθρό επίχρισμα. Η υπόλοιπη Πρωτοελλαδική κεραμεική χρονολογείται στην ώριμη φάση της Πρωτοελλαδικής περιόδου 2 και πρόκειται για άβαφα χονδροειδή αγγεία με πορώδη πηλό και χρώμα υπόλευκο. Ανήκουν συνήθως σε ανοιχτά βαθιά αγγεία με χείλη τριγωνικής διατομής και σε κλειστά που φέρουν πλατιές ταινιόσχημες λαβές.

Η κατοίκηση στην Καλογερόβρυση σταματά για άγνωστο λόγο προς το τέλος της Πρωτοελλαδικής περιόδου 2 και η θέση παραμένει ακατοίκητη μέχρι τα μέσα τουλάχιστον της μεσοελλαδικής περιόδου. Η ερήμωση του οικισμού για αρκετούς αιώνες φαίνεται ανεξήγητη αν δεν συνδεθεί με κάποια σημαντική αλλαγή στις πολιτικοοικονομικές συνθήκες. Μεγαλύτερη οικιστική δραστηριότητα βλέπουμε να υπάρχει στο τέλος της περιόδου και μάλιστα στους μεταβατικούς χρόνους από την Μεσοελλαδική στην Υστεροελλαδική περίοδο. Στην Καλογερόβρυση μία αλλαγή στην οικονομία πρέπει να δείχνει η έντονη οικοδομική δραστηριότητα και η πληθώρα κεραμεικών ευρημάτων.

Δύο οικοδομικές φάσεις της ώριμης Μεσοελλαδικής φάσης επισημάνθηκαν στον τομέα Ι, κυρίως δάπεδα και μερικοί κατεστραμμένοι τοίχοι. Το κτήριο 7 διασώζει τέσσερα δωμάτια και είχε χτιστεί πάνω στο κτήριο 13 που χρονολογείται σε πρωϊμότερους Μεσοελλαδικούς χρόνους. Τα υπόλοιπα κτήρια στο χώρο αυτό χρονολογούνται στην τελευταία Μεσοελλαδική φάση. Ανάμεσα στα Μεσοελλαδικά κτήρια βρέθηκαν κιβωτιόσχημοι τάφοι της ίδιας εποχής εκ των οποίων οι δύο ήταν συλημένοι. Οι άλλοι αν και ασύλητοι δεν απέδωσαν κτερίσματα. Οι σκελετοί, καλά διατηρημένοι, ήταν πάντοτε σε οκλάζουσα στάση. Η παρουσία τάφων ανάμεσα σε κτήρια δεν είναι ασυνήθιστο φαινόμενο κατά τη μεσοελλαδική περίοδο. Κτηριακά λείψανα της Μεσοελλαδικής περιόδου βρέθηκαν πολύ λίγα στον τομέα ΙΙ. Τα μόνα αξιόλογα ευρήματα της εποχής αυτής ήταν μία ακέραιη πρόχους και ένα κύπελλο καθώς και τρία χάλκινα αντικείμενα. Το ένα αποτελεί το άκρο λαβίδας με στρογγυλεμένες γωνίας και βρέθηκε σε Μεσοελλαδικό τάφο. Τα άλλα δύο, ένα εργαλείο (σμίλη) και ένα εγχειρίδιο, βρέθηκαν σε Μεσοελλαδικό στρώμα στον οικισμό.

Την παλαιότερη μεσοελλαδική κεραμεική (φάση ΙΙΙ) αποτελούν τα μινύεια αγγγεία που χαρακτηρίζουν συνήθως τα πρώιμα στάδια της περιόδου. Στην Καλογερόβρυση όμως τα φαιά μινύεια χρονολογούνται σε πολύ προχωρημένο στάδιο της περιόδου και συναντώνται μαζύ με ένα πλήθος από άβαφα τροχήλατα αγγεία που έχουν καθαρό πηλό. Σποραδικά εμφανίζονται όστρακα που φέρουν αμαυρή διακόσμηση με μαύρο χρώμα πάνω σε ερυθρωπή επιφάνεια. Η νεώτερη Μεσοελλαδική φάση (φάση IV) αντιπροσωπεύεται από τα ίδια περίπου τροχήλατα αγγεία που είναι χαρακτηριστικά της μεταβατικής περιόδου από την Μεσοελλαδική στη Μυκηναϊκή.

Μετά την ερήμωση του οικισμού στη διάρκεια της πολυσυζητημένης φάσης Μεσοελλαδικής ΙΙΙ- Υστεροελλαδικής Ι, που πιστεύεται ότι διαρκεί από τα μέσα του 17ου μέχρι τα μέσα του 16ου αιώνα π.Χ., ανάμεσα στα κτήρια κατασκευάζεται ένας ευμεγέθης χτιστός τάφος των πρώϊμων μυκηναϊκών χρόνων που δυστυχώς βρέθηκε συλημένος. Πρόκειται χωρίς αμφιβολία για κάποια σημαντική ταφή. Έχει κατασκευασθεί από μεγάλες ασβεστολιθικές πλάκες που είχαν λαξευθεί προσεκτικά. Οι διαστάσεις του τάφου ήταν 2,25 x 1,05 μ. Κατά την ανασκαφή του αποδείχτηκε ότι είχε συληθεί στο παρελθόν, στο δάπεδό του όμως βρέθηκε ανθρώπινος σκελετός σε ύπτια στάση με τα πόδια συνεσταλμένα. Δίπλα στο σκελετό βρέθηκαν σφοντύλια και ένα κουμπί από στεατίτη, καθώς και ελάχιστα όστρακα πρώιμων μυκηναϊκών χρόνων (βάσεις κυλίκων και λίγα θραύσματα αγγείων). Ο τάφος πρέπει να κατασκευάστηκε για κάποιο σημαίνον πρόσωπο σε μία εποχή που η κατοίκηση στο λόφο είχε σταματήσει, πιθανότατα στην Υστεροελλαδική Ι.