Η παλαιοχριστιανική βασιλική των Δαφνουσίων ήταν τρίκλιτη, ξυλόστεγη, με προεξέχον εγκάρσιο κλίτος και χωρίς υπερώα. Το κεντρικό και εγκάρσιο κλίτος καθώς και η αψίδα του ιερού κοσμούνταν με ψηφιδωτά δάπεδα που είχαν θέματα γεωμετρικά και φυτικά και διατηρούνται σήμερα σε μέτρια κατάσταση. Σύμφωνα με ψηφιδωτή επιγραφή σε tabula ansata χορηγοί για την ανέγερση του ναού ήταν ο Ευγένιος και η Διονυσεία. Θραύσματα του μαρμάρινου διακόσμου του ναού μας επιτρέπουν να συμπεράνουμε ότι οι μαρμάρινοι κίονες έφεραν ιωνικά κιονόκρανα με χωριστά επιθήματα, ενώ το φράγμα του πρεσβυτερίου είχε μαρμάρινα διάτρητα θωράκια στηριγμένα σε πεσσίσκους. Στο πρόπυλο αποκαλύφθηκε ψηφιδωτό δάπεδο με επιγραφή που έφερε το όνομα του χορηγού της ψήφωσης Γερόντιου. Το αίθριο ήταν τρίστωο, με φρέαρ στο κέντρο του υπαίθριου χώρου. Από τα νότια προσκτίσματα τα δύο δυτικότερα δωμάτια ανήκουν σε βαπτιστήριο (προαύλειος οίκος και φωτιστήριο με ωοειδή κολυμβήθρα επενδεδυμένη με μαρμάρινα πλακίδια) και τα δυο ανατολικότερα σε διακονικό. Τα βόρεια προσκτίσματα χρησίμευαν στην αποθήκευση των προσφορών των πιστών.

Το μεγάλο οικοδόμημα στα νοτιοδυτικά της βασιλικής διέθετε προθάλαμο πλαισιωμένο από δυο δευτερεύοντες χώρους και κεντρική αίθουσα πλαισιωμένη από δυο στενότερες επιμήκεις. Πιθανόν είχε μορφή τρικλινίου και η χρήση του ενδεχομένως σχετιζόταν με τη βασιλική.

Από το μεγάλο λουτρικό συγκρότημα ερευνήθηκε μόνο τμήμα της θερμής αίθουσας (caldarium).