Αρχικά, η θέση ιδρύθηκε στους Νεολιθικούς χρόνους (6.000-5.000). Ο οικισμός αποτελείται από κτήρια, ορθογώνιας κάτοψης, τα οποία περιβάλλονται από λιθινο περίβολο. Η πόλη των ιστορικών χρόνων ιδρύθηκε περί το 600 π.Χ.. και διέθετε τειχισμένη ακρόπολη. Κατά τους ελληνιστικούς χρόνους οικοδομείται ένας ευρύτερος οχυρωματικός περίβολος με πύργους που προστάτευε την ακρόπολη. Εντός αυτής έχουν ταυτιστεί ο ναός της Αθηνάς Πόλιούχου, θρησκευτικά και διοικητικά κτήρια. Εκτός αυτής έχουν εντοπιστεί και ερευνηθεί τα νεκροταφεία της πόλης. Καθώς το επίπεδο της θάλασσας έχει ανέβει ήδη από την αρχαιότητα, τμήμα της αρχαίας πόλης είναι ορατό στα αβαθή νερά δίπλα στην ακρόπολη. Η ακμή της πόλης των Αλών τοποθετείται στους ελληνιστικούς χρόνους. Θεωρείται ότι τότε αποτελούσε τμήμα της Βοιωτίας και μέλος της Βοιωτικής Συμμαχίας. Τα αρχαιολογικά ευρήματα τείνουν να επιβεβαιώσουν την αναφορά του Πλούταρχου (Σύλλας 26) ότι οι Αλές καταστράφηκαν από το ρωμαίο στρατηγό Σύλλα το 85 π.Χ,. επειδή επέτρεψαν τον ελλιμενισμό των πλοίων του αντιπάλου του Μιθριδάτη από τον Πόντο. Σποραδική κατοίκηση στην περιοχή συνεχίστηκε και τα ρωμαϊκά χρόνια. Νέα άνθηση γνωρίζει η πόλη τον 5ο και 6ο αι. μ.Χ. Μία παλαιοχριστιανική βασιλική κτίστηκε στην ακρόπολη, ακριβώς επάνω στα ερείπια του παλαιού ναού της Αθηνάς. Τμήματα οικιών και τάφοι της ίδιας εποχής έχουν επίσης διερευνηθεί, Περί τα τέλη του 6ου αι. μ.Χ, η ακρόπολη εγκαταλείφθηκε. Μία μικρή εκκλησία, της εποχής των Σταυροφοριών (13ος αι. μ.Χ.) ανεγέρθηκε επίσης εντός της παλαιοχριστιανικής βασιλικής.