Η αρχαία πόλη διέθετε δύο φυσικά λιμάνια, το Υλλαϊκό στα νοτιοδυτικά το οποίο ταυτίζεται με τη σημερινή λιμνοθάλασσα Χαλικιόπουλου και το λιμάνι του Αλκινόου στα βορειοανατολικά, το οποίο τοποθετείται στο νότιο τμήμα του σημερινού κόλπου της Γαρίτσας και πολύ κοντά στην αρχαία αγορά.

Εγκαταστάσεις του λιμανιού του Αλκινόου έχουν εντοπιστεί σήμερα στην περιοχή της συνοικίας του Ανεμόμυλου, καθώς στην αρχαιότητα η θάλασσα εισχωρούσε βαθύτερα στη στεριά, με τις παλαιότερες αρχαιολογικές ενδείξεις να ανάγονται στον 6ο αι π.Χ. Από τον 5ο αι. π.Χ. το λιμάνι απέκτησε λιμενοβραχίονα. Κατάλοιπα ενός ορθογώνιου πύργου, ο οποίος βρίσκεται σήμερα ενσωματωμένος στον Ι.Ν. του Αγίου Αθανασίου στη Γαρίτσα και αποτελεί τμήμα της οχύρωσης της πόλης προσέφερε οχυρωματική προστασία στις εγκαταστάσεις του λιμανιού.

Σε ανασκαφές που πραγματοποιήθηκαν στα βόρεια και βορειοανατολικά της αρχαίας αγοράς αποκαλύφθηκε επίσης τμήμα προβλήτας του λιμανιού με ανοίγματα για την ανέλκυση των πλοίων, ένας τοίχος μήκους 40μ. ο οποίος μάλλον σχετίζεται με τεχνικό έργο του λιμανιού, καθώς επίσης και ένα επίμηκες κτίσμα το οποίο ταυτίζεται με νεώσοικο για την προστασία των πολεμικών πλοίων.

Το λιμάνι του Αλκινόου, όπως και η υπόλοιπη πόλη, υπέστησαν εκτεταμένες καταστροφές κατά τη διάρκεια του κερκυραϊκού εμφύλιου πολέμου το 427 π.Χ. καθώς επίσης και το 31 π.Χ. από τα στρατεύματα του Αγρίππα, λίγο πριν τη ναυμαχία του Ακτίου. Έκτοτε το λιμάνι προσχώθηκε σταδιακά από φυσικές αλλά και τεχνητές επιχώσεις με αποτέλεσμα την εγκατάλειψή του.

Το δεύτερο λιμάνι που εξυπηρετούσε την πόλη, το Υλλαϊκό, ήταν ένας βαθύς φυσικός κόλπος, ο οποίος έχει σήμερα διαμορφωθεί σε λιμνοθάλασσα εξαιτίας φυσικών προσχώσεων. Τα διαθέσιμα ανασκαφικά δεδομένα που σχετίζονται με τον Υλλαϊκό δεν έχουν ακόμα πλήρως αποσαφηνιστεί. Πιθανότατα ωστόσο κάποιοι ισχυροί τοίχοι που έχουν εντοπιστεί καταμήκος της ανατολικής ακτογραμμής της λιμνοθάλασσας να συνδέονται με λιμανικές εγκαταστάσεις ή /και οχυρωματικά έργα. Επίσης, στο νοτιοδυτικό τμήμα της χερσονήσου του Κανονίου έχουν έρθει στο φως πεσοστοιχίες και κατάλοιπα που ερμηνεύονται ως πιθανοί νεώσοικοι του λιμανιού. Η συσσώρευση ποτάμιων προσχώσεων οδήγησαν στη σταδιακή συρρίκνωση του λιμανιού και την υποβάθμισή του.