Oι σωζόμενες αρχαιότητες στο λόφο της ακρόπολης του Ποτιδαίου χρονολογούνται στους ελληνιστικούς χρόνους και βρίσκονται στη δυτική πλαγιά του λόφου, προς την πλευρά του λιμανιού. Ανάμεσα τους περιλαμβάνονται μια επιγραφή, τμήμα οχυρωματικού τοίχου καθώς και τμήματα αναλημματικών τοίχων.

Στο σύγχρονο νεκροταφείο, στον αυλόγυρο που το κλείνει από την πλευρά της θάλασσας, διακρίνεται εντοιχισμένη επιγραφή-τιμητικό ψήφισμα για τον αυτοκράτορα Τραϊανό, σωτήρα και ευεργέτη του δήμου Καρπαθιοπολιτών και της κτοίνας Ποτιδαιέων. Χαμηλότερα στην ίδια πλευρά, είναι ορατός από την πλευρά της θάλασσας, τοίχος ισοδομικής τοιχοδομίας, πιθανώς του 4ου αι. π.X., ο οποίος θεωρείται οχυρωματικού χαρακτήρα. Aναλημματικοί αντίθετα είναι οι τοίχοι που σώζονται στο υψηλότερο τμήμα της πλαγιάς και είναι κτισμένοι με πολυγωνικούς δόμους. O πρώτος από βόρεια σώζεται σε σημαντικό ύψος, ενώ ο δεύτερος που διατηρείται σε μεγάλο μήκος, βρίσκεται αμέσως κάτω από την κορυφή του λόφου.

Στο βορειότερο τμήμα της πλαγιάς υπάρχει υπόγεια δεξαμενή συγκέντρωσης ομβρίων υδάτων, επιχρισμένη εσωτερικά με υδραυλικό κονίαμα. Παρόμοιες δεξαμενές είναι γνωστές από τις ακροπόλεις και των άλλων αρχαίων πόλεων της Καρπάθου. Άλλη υπόγεια σπηλαιώδης κατασκευή με κτιστή ορθογώνια είσοδο είναι ορατή βορειοανατολικότερα. Σύμφωνα επίσης με προφορικές μαρτυρίες, τείχη εντοπίστηκαν κατά την ανέγερση οικοδομών και στους νοτιοδυτικούς πρόποδες της ακρόπολης. Σήμερα όμως δεν διατηρούνται ίχνη τους.

Στην ίδια περιοχή πρέπει να βρισκόταν και η παλαιοχριστιανική βασιλική της ακρόπολης, από την οποία προέρχονται τα αρχιτεκτονικά μέλη και λίθινη κολυμβήθρα που σήμερα βρίσκονται συγκεντρωμένα στην πλατεία του Επαρχείου.