Κατά το έτος 2001 η μόνιμη έκθεση αναδιοργανώθηκε, με νέα θεματική, μουσειολογική και μουσειογραφική προσέγγιση, που υπαγορεύτηκε και από την ανάγκη να παρουσιασθούν τα νεότερα πορίσματα της έρευνας.

Η επανέκθεση, με τίτλο ''Βυζάντιο και Δύση: η εμπειρία του υστεροβυζαντινού αστικού κέντρου του Μυστρά'', εστιάζει στις σχέσεις και επαφές του βυζαντινού κράτους με τη Δύση, σχέσεις που γίνονται αφορμή εκατέρωθεν επιδράσεων και διαμορφώνουν την ιδιαίτερη φυσιογνωμία της πολιτικής και κοινωνικής πραγματικότητας, της πνευματικής ζωής και της τέχνης της εποχής των Παλαιολόγων. Ο Μυστράς, ακμαίο υστεροβυζαντινό αστικό κέντρο, αποτελεί εξαιρετικό πεδίο για την ανίχνευση της προσέγγισης Βυζαντίου και μεσαιωνικής Δύσης λίγο πριν την Αναγέννηση.