1) Συλλογή προϊστορικών ευρημάτων: πηλίνων αγγείων, κοσμημάτων, χαλκίνων και λιθίνων εργαλείων από πλούσιους θαλαμωτούς τάφους της μυκηναϊκής εποχής από τις θέσεις Αρμενοχώρι και Σύγκαιρο, που δηλώνουν τον ακμαίο χαρακτήρα του νησιού ήδη από την ύστερη εποχή του χαλκού. Ιδιαίτερο ενδιαφέρον παρουσιάζει η εύρεση πολύ μεγάλου αριθμού λιθίνων εργαλείων σε έναν από τους τάφους που, πιθανότατα, σχετίζονται με την ιδιότητα και τις ασχολίες του νεκρού.

2) Θησαυρός αργυρών νομισμάτων της κλασικής εποχής, που βρέθηκε στο νησί.

3) Συλλογή αναθηματικών επιγραφών από Ιερά του νησιού, οι οποίες μας πληροφορούν για τις θεότητες που λατρεύονταν στην Αστυπάλαια κατά την αρχαιότητα (Απόλλων, 'Αρτεμις Λοχία και Ειλυθιεία, Ασκληπιός και Αφροδίτη). Ξεχωρίζει μεγάλη αναθηματική ενεπίγραφη βάση του Απόλλωνος με τα ίχνη από τα πόδια του μνημειώδους αγάλματος, του 4ου αιώνα π.Χ.

4) Ευρήματα κλασικών και ελληνιστικών χρόνων: αρχιτεκτονικά μέλη (ενεπίγραφα επιστύλια), επιτύμβια και αναθηματικά ανάγλυφα, επιτύμβιοι βωμοί, ανδρικά και γυναικεία αγαλμάτια και σημαντικές επιγραφές (επιτύμβιες, αναθηματικές, τιμητικά ψηφίσματα, επιστολές αυτοκρατόρων κ.ά.). Σημαντικά ευρήματα στην κατηγορία αυτή είναι: α)Kορμός ανδρικού ιματιοφόρου αγάλματος - το ιμάτιο να τυλίγεται γύρω από την οσφύ, πέφτει από τον αριστερό ώμο και συγκρατείται με το αριστερό χέρι, ενώ αφήνει ακάλυπτο το στήθος.

β) Aνάγλυφο με σκηνή συμποσίου. Eικονίζεται ζεύγος ανακεκλιμένο σε κλίνη. Στα πόδια της κλίνης καθιστή σε δίφρο γυναικεία μορφή. Πίσω από την κλίνη μικρός δούλος, τράπεζα με εδέσματα και δέντρο γύρω από το οποίο τυλίγεται φίδι (παράσταση νεκροδείπνου ή αφηρωϊσμένων νεκρών;).

γ) Aνάγλυφο με σκηνή νεκροδείπνου. Eικονίζεται ανδρική μορφή σε κλίνη, στην άκρη της καθιστή γυναικεία μορφή με χιτώνα και ιμάτιο πατά σε υποπόδιο. H παράσταση ορίζεται από παραστάδες που φέρουν γείσο με ακροκέραμα. δ) Kορμός θωρακοφόρου ανδρικού αγάλματος, ρωμαϊκής εποχής.

ε) Kάτω τμήμα γυναικείου ημίγυμνου αγάλματος με συμφυή πλίνθο. Tο ιμάτιο τυλίγεται γύρω από την οσφύ και πέφτει με πλούσιες πτυχές ως τα πόδια (Aφροδίτη;).

στ) Tμήμα χρυσού στεφανιού με φύλλα και καρπούς.

ζ) Eνεπίγραφη στήλη με ιερό νόμο σχετικό με προϋποθέσεις εισόδου σε ιερό (3ος αιώνας π.X.)

η) Eνεπίγραφη πέτρινη στήλη με επιστολή του αυτοκράτορα Aδριανού προς τους άρχοντες και τη Bουλή των Kνιδίων.

5) Συλλογή πηλίνων αγγείων γεωμετρικής έως και ρωμαϊκής εποχής από τις νεκροπόλεις των περιοχών Κάτσαλος και Κιλίνδρα.

6) Μαρμάρινα θωράκια, κιονόκρανα και άλλα μέρη από παλαιοχριστιανικές βασιλικές.

7) Μαρμάρινο οικόσημο της οικογένειας Κουερίνι (Querini) διοικητών του νησιού, από το ενετικό κάστρο της Χώρας.