- Στήλες, ανάγλυφα και επιγραφές ελληνιστικών και ρωμαϊκών χρόνων (προθάλαμος)
Η έκθεση στον προθάλαμο περιλαμβάνει επιτύμβιες στήλες με επιγραφές, ανθεμωτές επιστέψεις ή ανάγλυφες παραστάσεις, καταλόγους, ερμαϊκές στήλες, προτομές ελληνιστικών και ρωμαϊκών χρόνων και μια νεοαττική σαρκοφάγο με σκηνές από το μύθο της Ιφιγένειας στη χώρα των Ταύρων. Ξεχωρίζει το επίγραμμα για τους πεσόντες στρατηγούς στη μάχη των Λεύκτρων (371 π.Χ.).

- Πρώιμα έργα γλυπτικής (αίθουσα Α)
Εκτίθενται μερικά από τα σημαντικότερα γλυπτά της αρχαίας ελληνικής τέχνης, όπως πολύ πρώιμα, δαιδαλικά έργα, αρχαϊκοί κούροι από το ιερό του Πτώου και επιτύμβιες στήλες της κλασικής εποχής, οι περισσότερες από τις οποίες προέρχονται από τις Θεσπιές. Σχετικά πρόσφατο, εξαίσιο απόκτημα του μουσείου είναι ένα επιτύμβιο ανάγλυφο του τέλους του 6ου αι. π.Χ. από το Ακραίφνιο, το οποίο παριστάνει γυμνό νέο που κρατάει πετεινό και μυρίζει άνθος λωτού. Η υπογραφή των γλυπτών και το επίγραμμα προς τιμήν του νεκρού Μνασιθέου συμπληρώνουν την όμορφη παράσταση του εφήβου.

- Κεραμική, τοιχογραφίες και αντικείμενα μικροτεχνίας (αίθουσα Β)
Εκτίθεται κυρίως κεραμική, που χρονολογείται από την Εποχή του Χαλκού έως τα υστεροκλασικά χρόνια, αλλά και μυκηναϊκές τοιχογραφίες, κοσμήματα, όπλα, εργαλεία και ποικίλα αντικείμενα μικροτεχνίας των παραπάνω περιόδων, από διάφορες θέσεις της Βοιωτίας. Ανάμεσά τους ξεχωρίζουν ομάδες αντικειμένων μοναδικών για τη σημασία τους στην τέχνη και στον πολιτισμό της ελληνικής αρχαιότητας, όπως οι ψευδόστομοι αμφορείς και οι πινακίδες που φέρουν επιγραφές στη Γραμμική Β γραφή, οι ανατολικοί σφραγιδοκύλινδροι, μυκηναϊκά κοσμήματα και μήτρες, πήλινα προσωπεία, αφιερώματα από την πυρά του Ηρακλέους στην Οίτη, καβειρικά αγγεία και αγγεία από το Πολυάνδριο των Θεσπιέων.

- Γλυπτά των κλασικών, ελληνιστικών και ρωμαϊκών χρόνων (αίθουσα Γ)
Η έκθεση περιλαμβάνει επιτύμβια ανάγλυφα, κυρίως από το ιερό της Αρτέμιδος στην Αυλίδα. Οι μοναδικές, εγχάρακτες, μαύρες στήλες πεσόντων πολεμιστών χρονολογούνται στα κλασικά χρόνια, ενώ στο κέντρο της αίθουσας ξεχωρίζει η στήλη της Φιλωτέρας, βοιωτικό έργο των αρχών του 4ου αι. π.Χ. από το λιμάνι των Σιφών (Αλυκή).

- Μυκηναϊκά ευρήματα από την Τανάγρα (αίθουσα Δ)
Η έκθεση περιλαμβάνει αποκλειστικά τα ευρήματα από την ανασκαφή στα νεκροταφεία θαλαμωτών τάφων της μυκηναϊκής Τανάγρας. Μοναδική στο είδος της για όλο τον ελλαδικό χώρο είναι η ομάδα πήλινων ζωγραφιστών λαρνάκων (σαρκοφάγων), που φανερώνουν ισχυρή κρητική επίδραση και χρονολογούνται στο 1350-1250 π.Χ. περίπου.

- Επιγραφές και μεταγενέστερα γλυπτά (αυλή)
Στην αυλή έχουν προσωρινά τοποθετηθεί κατά ομάδες επιγραφές, επιτύμβιες στήλες, επιτύμβιοι κύβοι με αφηρωισμένους ιππείς, μερικά γλυπτά ρωμαϊκών και παλαιοχριστιανικών χρόνων, αρχιτεκτονικά μέλη και γλυπτά της βυζαντινής και μεσαιωνικής εποχής.