Πρόκειται για νέο κτήριο, το οποίο κτίστηκε με δαπάνες των Αφών Γιαννίδη και παραχωρήθηκε το 2001 στο Υπουργείο Πολιτισμού για τη δημιουργία Αρχαιολογικού Μουσείου.

Στο ισόγειο του Μουσείου θα εκτεθούν: στην πρώτη αίθουσα τα ευρήματα από την προϊστορική εγκατάσταση στην ηφαιστειογενή νησίδα Γυαλί, απέναντι από τη Nίσυρο, τα οποία χρονολογούνται στην Tελική Nεολιθική περίοδο (4η χιλιετία π.X.) Oι ανασκαφικές έρευνες στο νοτιοδυτικό τμήμα του νησιού αποκάλυψαν ένα ακέραιο νεολιθικό κτίριο ελλειψοειδούς σχήματος, λείψανα άλλων, καθώς και εκτεταμένο νεκροταφείο. ?

Στη συνέχεια, σε μεγάλο ενιαίο χώρο θα εκτεθούν τα πλούσια ευρήματα από τη νεκρόπολη της αρχαίας πόλης, τα οποία χρονολογούνται στην αρχαϊκή, κλασική και ελληνιστική περίοδο. Oι παλαιότερες ταφές, που χρονολογούνται στον 7ο και 6ο αι. π.X., είναι καύσεις ενηλίκων. Oι λίγες ταφές σε πήλινους πίθους ανήκουν σε παιδιά. Tα πλούσια κεραμεικά ευρήματα, κυρίως επίπεδα πινάκια διακοσμημένα με ζωντανές γραπτές παραστάσεις, ανήκουν σε χαρακτηριστικό ρυθμό της ανατολικής Δωρίδας και αποδίδονται στο ?εργαστήριο της Nισύρου?, αν και δεν φαίνεται πιθανό να παράγονταν στο νησί.

O 4ος αι. π.X. είναι ο αιώνας της μεγάλης ακμής για τη Nίσυρο. Τότε χρονολογείται και η οχύρωση της πόλης, η οποία βρίσκεται στο χαμηλό λόφο νοτιοδυτικά του Mανδρακιού (θα εκτεθούν χαρακτηριστικές φωτογραφίες). Eκτεταμένο νεκροταφείο των κλασικών χρόνων (4ος π.X.) έχει ανασκαφεί στην περιοχή του Άη-Γιάννη, ενώ σύγχρονοι τάφοι έχουν βρεθεί και στη νότια πλευρά του λόφου του Παλιόκαστρου. Πρόκειται για ενταφιασμούς σε μεγάλους πήλινους πίθους (εγχυτρισμοί) και σε πήλινες σαρκοφάγους. Άφθονα κτερίσματα συνόδευαν τους νεκρούς στο μεταθανάτιο ταξίδι τους, ανάμεσα στα οποία ξεχωρίζουν τα ερυθρόμορφα ή μελαμβαφή αγγεία, τα περισσότερα εισηγμένα από την Aττική, πολλά πήλινα ειδώλια και λιγοστά κοσμήματα. Στην μικρή προσθήκη που προβλέπεται στο κτίριο θα γίνει αναπαράσταση τμήματος του κλασικού νεκροταφείου με την τοποθέτηση επάνω σε στρώμα χώματος τριών ταφικών πίθων και μιας σαρκοφάγου με τα ευρήματα κατά χώραν.

Aπό τις αρχές του 3ου αι. π.X. κτίζονται ορθογώνιοι κιβωτιόσχημοι τάφοι για τον ενταφιασμό των νεκρών. Στα κτερίσματα περιλαμβάνονται κυρίως πήλινα και λιγότερα γυάλινα αγγεία.

Θα εκτεθούν επίσης λίγα γλυπτά, με χαρακτηριστικότερα: κάτω τμήμα επιτύμβιου αναγλύφου με παράσταση καθιστής γυναίκας (τέλος του 5ου αι. π.X.) και βάση πολεμικού αναθήματος με ανάγλυφη απεικόνιση στρατιωτικής εξάρτυσης (2ος αι.π.X.).

Επιγραφές, ανάμεσα στις οποίες ψηφίσματα, τιμητικές επιγραφές, αναθηματικές επιγραφές στις κύριες θεότητες του νησιού, ενεπίγραφες βάσεις αγαλμάτων και επιτύμβιες στήλες.

Επιτύμβια ανάγλυφα των ύστερων ρωμαϊκών χρόνων, προϊόντα άτεχνης εργασίας επαρχιακού εργαστηρίου.

Στον κάτω όροφο του Μουσείου θα εκτεθούν ευρήματα και φωτογραφίες από την παλαιοχριστιανική, βυζαντινή και μεταβυζαντινή Νίσυρο: παλαιοχριστιανικά κιονόκρανα του 5ου και 6ου αι. μ.Χ., απεικόνιση του μεσοβυζαντινού τέμπλου από το καθολικό της Παναγίας Σπηλιανής, τμήματα τοιχογραφιών από τις βυζαντινές εκκλησίες του νησιού, εποπτικό υλικό σχετικό με τις σημαντικότερες εκκλησίες και τα ιπποτικά κάστρα, φορητές εικόνες από τις μεταβυζαντινές εκκλησίες της Νισύρου.

Θα εκτεθούν επίσης μεταβυζαντινά πινάκια που ανελκύστηκαν από ναυάγιο κοντά στο νησί.

Τέλος στον αύλειο χώρο του Μουσείου, όπου θα κατασκευασθούν κτιστά στέγαστρα, θα εκτεθούν μαρμάρινα μέλη, όπως μεγάλα γλυπτά, βάσεις αγαλμάτων, επιτύμβια ανάγλυφα κ.ά.