Το Αρχαιολογικό Μουσείο της Νισύρου οργανώνεται για πρώτη φορά στα πλαίσια του Περιφερειακού Επιχειρησιακού Προγράμματος Νοτίου Αιγαίου 2000-2006.

Εκτελούνται εργασίες επέκτασης του υπογείου χώρου, όπου θα στεγαστούν το εργαστήριο συντήρησης, οι αποθήκες ευρημάτων, τα γραφεία και η αίθουσα προβολών και διαλέξεων, καθώς και η προσθήκη μικρής επέκτασης στο ισόγειο για τις ανάγκες έκθεσης των ταφικών πίθων, του εκδοτηρίου εισιτηρίων και του κυλικείου.

Προβλέπεται η κατασκευή δύο στεγάστρων για την προστασία της υπαίθριας έκθεσης μαρμάρινων μελών στον αύλειο χώρο του Μουσείου.