Το αρχαιολογικό Μουσείο Καρπάθου θα στεγαστεί στη δυτική πτέρυγα του Eπαρχείου, κτηριακό συγκρότημα της περιόδου της Ιταλοκρατίας. Η έκθεση, που βρίσκεται στο τελικό στάδιο προετοιμασίας, προβλέπεται να εγκαινιαστεί στο τέλος του 2005.

Στην πρώτη αίθουσα θα γίνεται εισαγωγή στην έκθεση με τη βοήθεια χρονολογικού-ιστορικού διαγράμματος και προβολή διαφανειών με τα μνημεία του νησιού. Η ενότητα των προϊστορικών χρόνων θα περιλαμβάνει λίγα ευρήματα νεολιθικής εποχής (λεπίδες οψιανού, όστρακα και εκμαγείο λίθινου ειδωλίου γυναικείας θεότητας, σήμερα στο Βρετανικό Μουσείο), ευρήματα από μινωική αγροικία στη νότια Κάρπαθο, ευρήματα από πρόσφατη ανασκαφή στο μινωικό /μυκηναϊκό οικισμό των Πηγαδίων, στην οποία αποκαλύφθηκαν τρεις κεραμικοί κλίβανοι, ταφικό σύνολο από τη νεκρόπολη του οικισμού, καθώς και αναπαράσταση τάφου της ΥΕ ΙΙΙΑ//ΙΙΙΒ εποχής από τις Βωνιές της Αρκάσας. Με αφορμή τα εκθέματα θα σχολιαστούν η αγροτική οικονομία και ζωή, οι εμπορικές και πολιτισμικές επαφές, η βιοτεχνική δραστηριότητα, η καθημερινή ζωή και τα ταφικά έθιμα και δοξασίες.

Στην δεύτερη ενότητα, των ιστορικών χρόνων, τα εκθέματα κατανέμονται γεωγραφικά στις τρεις αρχαίες πόλεις του νησιού, την Κάρπαθο (πιθανώς στο σημερινό Απέρι), την Αρκέσεια και την Βρυκούντα, και στο Ποτίδαιον, τα σημερινά Πηγάδια, επίνειο και εδαφικό εξάρτημα κατά τους ελληνιστικούς χρόνους της πόλεως Καρπάθου. Τα εκθέματα (κυρίως αγγεία ελληνιστικών χρόνων, τμήματα γεωμετρικών αγγείων και ταφικό σύνολο κλασικών χρόνων από το Απέρι, λίγα γλυπτά από το Πηγάδια, μακέτα της ρωμαϊκής δεξαμενής στα Ριά του Λευκού) θα συνοδεύουν κείμενα που θα αναφέρονται στην ιστορία του νησιού, την τοπογραφία των αρχαίων πόλεων, καθώς και σε σημαντικές ιστορικές επιγραφές της Καρπάθου.

Η τελευταία ενότητα θα περιλαμβάνει αντιπροσωπευτικά ευρήματα από τις παλαιοχριστιανικές βασιλικές και οικισμούς της Καρπάθου (αγγεία, αμφορείς, νομίσματα, αρχιτεκτονικά μέλη, προβολή διαφανειών με ψηφιδωτά δάπεδα), με τη βοήθεια των οποίων θα τονίζεται η οικονομική και καλλιτεχνική άνθηση του νησιού αυτή την περίοδο. Αναφορά στη βυζαντινή Κάρπαθο θα γίνει με προβολή των σπάνιων ανεικονικών εκκλησιών της Ολύμπου (8ος-9ος αι.) και με την έκθεση, σε τεχνητή κόγχη, αποτοιχισμένης τοιχογραφίας με παράσταση Δέησης του 13ου αι. Την εικόνα θα συμπληρώνουν ιστορικά στοιχεία για την εποχή, κατά την οποία το νησί υπαγόταν στους Κορνάρους (14ος-16ος αι. ), την πειρατεία, την τοπογραφία του νησιού, όπως απεικονίζεται σε χάρτες περιηγητών του 15ου και 16ου αι.