Οι συλλογές του Μουσείου αναπτύσσονται σε επτά αίθουσες, τον κεντρικό διάδρομο και τρία αίθρια, σε συνολική επιφάνεια 1.200 τ.μ. Τα εκθέματα καλύπτουν μια μεγάλη χρονική περίοδο, από την πρώτη εμφάνιση του ανθρώπου στην Ήπειρο, κατά την Κατώτερη Παλαιολιθική εποχή πριν από 250.000 χρόνια, έως και τη δύση της όψιμης αρχαιότητας κατά τους ύστερους ρωμαϊκούς χρόνους (3ος αι. μ.Χ.). Ιδιαίτερη έμφαση δίνεται στα ευρήματα από το ιερό της Δωδώνης τα οποία εκτίθενται σε μια αίθουσα αφιερωμένη αποκλειστικά σε ένα από τα σπουδαιότερα μαντεία του ελληνικού κόσμου. Η πολύπλευρη εκθεσιακή παρουσίαση στοχεύει να φωτίσει διάφορες όψεις του ιδιωτικού και δημόσιου βίου των Ηπειρωτών κατά την αρχαιότητα. Πιο συγκεκριμένα οι θεματικές ενότητες είναι κατανεμημένες στους εκθεσιακούς χώρους ως εξής:

Ως η αφετηρία της μουσειολογικής ροής, στον κεντρικό διάδρομο, λειτουργεί μία γραφιστικά αποδοσμένη περιδιάβαση στον ιστορικό χρόνο, ένα χρονολόγιο (timeline): σε αυτό αποτυπώνονται τα κυριότερα ιστορικά γεγονότα που συντελέστηκαν στην Ήπειρο (καθώς και οι πιο σημαντικές αρχαιολογικές θέσεις), τα οποία αντιπαραβάλλονται με διαδικασίες και σταθμούς στην ιστορία του υπόλοιπου ελλαδικού χώρου.

Αίθουσα 1 : Προϊστορική Ήπειρος

Αίθουσα 2 : Πολιτική και διοικητική οργάνωση της Ηπείρου

Αίθουσα 3 : Αιακίδες, οι βασιλείς των Μολοσσών

Αίθουσα 4 : Ο καθημερινός βίος των Ηπειρωτών

Αίθουσα 5 : Η Αρχαιολογία του Θανάτου

Αίθουσα 6 : Η Ήπειρος στη ρωμαϊκή εποχή

Αίθουσα 7 : Το ιερό της Δωδώνης

Με την ευκαιρία της Επανέκθεσης θα κυκλοφορήσουν ενημερωτικά φυλλάδια, εκπαιδευτικό πρόγραμμα καθώς και ο νέος κατάλογος-λεύκωμα των συλλογών του Αρχαιολογικού Μουσείου Ιωαννίνων. Ο τελευταίος περιέχει μελέτες που πραγματεύονται τις διάφορες θεματικές ενότητες της νέας μόνιμης έκθεσης. Στο εκδοτικό αυτό εγχείρημα συνεργάστηκε το επιστημονικό προσωπικό της ΙΒ΄ ΕΠΚΑ επιχειρώντας να παραδώσει στο αναγνωστικό κοινό ένα συγκεντρωτικό, περιεκτικό και εμπλουτισμένο με τα νεότερα δεδομένα και τους προβληματισμούς της έρευνας εγχειρίδιο για την αρχαιολογία και ιστορία της αρχαίας Ηπείρου.

Με την ευκαιρία της Επανέκθεσης του Α.Μ.Ι. δημιουργήθηκε ιστοσελίδα στη διεύθυνση www.amio.gr για την προβολή των συλλογών και των δραστηριοτήτων του.