Το Αρχαιολογικό Μουσείο Ιωαννίνων βρίσκεται στο κέντρο της πόλεως των Ιωαννίνων, της σύγχρονης πρωτεύουσας της Ηπείρου, σε γήπεδο ιδιοκτησίας του ΥΠ.ΠΟ. και σε περίοπτη θέση στον επονομαζόμενο λόφο Λιθαρίτσια (Σχέδιο 1). Το Α.Μ.Ι. οικοδομήθηκε τη δεκαετία του 1960 (1963-1966) σύμφωνα με την αρχιτεκτονική μελέτη του επιφανούς Έλληνα αρχιτέκτονα ’ρη Κωνσταντινίδη. Ο κύριος σκοπός της ανέγερσης του Α.Μ.Ι. ήταν να στεγάσει τους αρχαιολογικούς θησαυρούς της Ηπείρου από την αρχαιότητα έως και τους μεταβυζαντινούς χρόνους, καθώς και τη συλλογή έργων Ελλήνων ζωγράφων του 19ου και 20ου αι., δωρεάς του Συλλόγου οι ''Φίλοι των Ιωαννίνων''. Για αρκετά χρόνια το κτιριακό συγκρότημα του Α.Μ.Ι. ήταν η έδρα των τότε Εφορειών Κλασικών και Βυζαντινών Αρχαιοτήτων. Μόλις το 1999 επιτεύχθηκε η αποκλειστική χρήση του Α.Μ.Ι. τόσο για την έκθεση των ευρημάτων αρμοδιότητας της ΙΒ' Εφορείας Προϊστορικών και Κλασικών Αρχαιοτήτων (Ε.Π.Κ.Α.) όσο και της λειτουργίας της. Η οριστική εκκένωση των χώρων που κατελάμβαναν τα εργαστήρια συντήρησης της 8ης Εφορείας Βυζαντινών Αρχαιοτήτων έγινε το 1992, έτος μετεγκατάστασης και των βυζαντινών εκθεμάτων (βλ. παρακάτω) στο νέο Βυζαντινό Μουσείο της πόλης. Το 1999 απομακρύνθηκαν και τα εικαστικά έργα της λεγόμενης ''Πινακοθήκης'' μέρος των οποίων σήμερα κοσμεί τη Δημοτική Πινακοθήκη Ιωαννίνων.

Το 1969 άνοιξαν οι πύλες του Α.Μ.Ι. για το κοινό με τη μόνιμη έκθεση διαχρονικού χαρακτήρα και την εκθεσιακή προσέγγιση που υπαγόρευαν οι τότε συνθήκες και αντιλήψεις. Την έκθεση των προϊστορικών και κλασικών αρχαιοτήτων επιμελήθηκε η αείμνηστη Ιουλία Βοκοτοπούλου, ενώ εκείνη των βυζαντινών και μεταβυζαντινών ευρημάτων καθώς και της ''Πινακοθήκης'' έγινε από την τότε 5η ΕΒΑ. Από τις πέντε συνολικά αίθουσες του Α.Μ.Ι. μόνον δύο (καθώς και ο ευρύχωρος κεντρικός διάδρομος) φιλοξένησαν έργα της ελληνικής και ρωμαϊκής αρχαιότητας από τις σημαντικότερες ως τότε γνωστές αρχαιολογικές θέσεις της Ηπείρου (π.χ. Δωδώνη, Κασσώπη, Νεκυομαντείο, Βίτσα) ή άλλα μεμονωμένα ευρήματα (π.χ. θησαυρός χαλκών αντικειμένων Καταμάχης, σαρκοφάγος από το Λαδοχώρι Θεσπρωτίας). Επίσης, ορισμένα ευρήματα, κυρίως αρχιτεκτονικά μέλη, τοποθετήθηκαν στα εγκιβωτισμένα στον κάναβο του κτιρίου αίθρια.