Το πλούσιο αρχαιολογικό υλικό, το οποίο έχει συγκεντρωθεί από τις ανασκαφές που επί πολλά χρόνια διενεργεί η 13η Εφορεία Βυζαντινών Αρχαιοτήτων στο νομό Χανίων, αλλά και από περισυλλογές και δωρεές, αποτέλεσε μια Συλλογή στην οποία καταγράφεται με σαφήνεια η ιστορική πορεία του δυτικότερου νομού της Κρήτης από τα παλαιοχριστιανικά χρόνια έως και την τουρκοκρατία. Αντιπροσωπευτικά δείγματα αυτής της Συλλογής εκτίθενται στο ναό του San Salvatore.

Στόχος της παρουσίασης του υλικού της Συλλογής είναι η σκιαγράφηση της ιστορικής και της καλλιτεχνικής φυσιογνωμίας του νομού Χανίων κατά τους βυζαντινούς και μεταβυζαντινούς χρόνους. Τα εκθέματα ομαδοποιήθηκαν κατά είδος σε ενότητες: ψηφιδωτά, επιτύμβιες επιγραφές, τοιχογραφίες, εικόνες, αρχιτεκτονικά γλυπτά, έργα κεραμικής και μικροτεχνίας, νομίσματα.

Τα έργα της κάθε ενότητας παρουσιάζονται σε χρονολογική διαδοχή. Χάρτες και επεξηγηματικοί πίνακες κατατοπίζουν τον επισκέπτη σχετικά με την προέλευση των εκθεμάτων και το ιστορικό πλαίσιο της εποχής τους.