Το Μουσείο Κρητικής Εθνολογίας (ΜΚΕ) αποτελείται από ένα εκθεσιακό συγκρότημα και από ένα Ερευνητικό και Συνεδριακό Κέντρο σε χωριστό κτίριο, όπου συγκετρώνονται όλες οι υπόλοιπες λειτουργίες του μουσείου: Έρευνα, Επιμόρφωση, Συνέδρια, Βιβλιοθήκη, Σχεδιαστήριο, Εργαστήρια Ήχου, Φωτογραφίας, Συντήρησης, Επιστημονικά Εργαστήρια, Αρχείο και Αποθήκες. Το μουσείο διαθέτει για την παρουσίαση των εκθεμάτων του ένα διώροφο κτίριο συνολικής επιφανείας 500 τ.μ. και σχεδιάζεται η επέκταση σε γειτνιάζον παραδοσιακό συγκρότημα 300 τ.μ.

Η εθνογραφική έρευνα του μουσείου και τα εκθέματα του καλύπτουν την 2η χιλιετία μ.Χ. στην Κρήτη. Στην πρώτη φάση της ιστορικής εξέλιξης του νησιού με την επανάκτησή του από τους Βυζαντινούς το 963 και την παρουσία τους έως το 1205, ο κρητικός λαός εισέρχεται στην ελληνική αναγέννηση του Μεσαίωνα. Στην διάρκεια των 700 επόμενων ετών κατοχής από τους Ενετούς και τους Τούρκους, ο λαός αυτός όχι μόνο δεν θα υποκύψει πολιτισμικά στους κατακτητές, αλλά θα εξελιχθεί δημιουργικά μέσα στους αιώνες συντηρώντας τα πρότυπα της αυτοκρατορίας. Η Έκθεση παρουσιάζει 3000 εκθέματα απ' όλη την Κρήτη και ακολουθεί την εθνολογική ταξινομική των κοινωνικών εργασιών του Ανθρώπου: Διατροφή, Αρχιτεκτονική, Υφαντική, Τέχνες - Εμπόριο, Μεταφορές, Ήθη και Έθιμα, Κοινωνική Οργάνωση.

Η Μουσειολογική μεθοδολογία της Έκθεσης είναι εκείνη του G. H. Riviere, του Musee National des Arts et Traditions Populaires (ATP), στο Παρίσι. Η Έκθεση έλαβε το 1992 ειδικό έπαινο στα πλαίσια της βράβευσης του Ευρωπαϊκού Μουσείου της Χρονιάς (ΕΜΥΑ) από το European Museum Forum και το Συμβούλιο της Ευρώπης. Το Μουσείο Κρητικής Εθνολογίας (ΜΚΕ) ήταν το 6ο κατά σειρά Ελληνικό Μουσείο που λάβαινε διάκριση, από την ίδρυση του θεσμού το 1977.

Το Ίδρυμα Μουσείο Κρητικής Εθνολογίας εποπτεύεται από το Υπουργείο Πολιτισμού και ανήκει στη Διεύθυνση Λαϊκού Πολιτισμού με, χρονολογικά, τους Διευθυντές που υποστήριξαν το φορέα: Δημήτρης Κόκκινος, Γιώργος Νίνος, Μαίρη Μιχαϊλίδου, Θεοχάρης Προβατάκης και Τέτη Χατζηνικολάου.