Η έκθεση των αντικειμένων γίνεται συμφωνα με τη σύγχρονη μουσειολογική αντίληψη, με επεξηγηματικά κείμενα, φωτογραφίες, σχέδια, μακέτες και εμπλουτίζεται κάθε χρόνο με νέα εκθέματα. Περιλαμβάνει 7 αίθουσες στις οποίες αναπτύσσονται οι εξής ενότητες: "Καμαρόσπιτο", "Μετάξι", "Κεραμεικά", "Κοπανέλι", "Πετράδες-Λιθοξόοι", "Εκκλησία, Ξυλογλυπτική".

Στο ιστορικό τμήμα του Μουσείου εκτίθενται όπλα και σπαθιά από τους μακροχρόνιους αγώνες των Κρητικών για ελευθερία, μικρό μέρος των ζωγραφικών πινάκων και ιστορικών λιθογραφιών, στις οποίες απεικονίζονται παραστατικά τα σημαντικότερα γεγονότα της Ελληνικής και Κρητικής ιστορίας. Νομίσματα Ρωμαϊκά, Βυζαντινά, Βενετσιάνικα, Τουρκικά, Κρητικής Πολιτείας και νόμισμα των Συρακουσών (405-345 π.Χ.). Επίσης μετάλλια Γαβαλοχωριανών, κερδισμένα στα πεδία μαχών.