Το Μουσείο Μακεδονικού Αγώνα στεγάζεται σε ένα νεοκλασικό κτίριο, έργο του διάσημου αρχιτέκτονα Ernst Ziller (Ερνέστου Τσίλερ), κτίριο στο οποίο κατά την Τουρκοκρατία στεγάστηκε το ελληνικό Γενικό Προξενείο Θεσσαλονίκης που στα χρόνια του ένοπλου Μακεδονικού Αγώνα υπήρξε το μυστικό επιτελικό κέντρο του Αγώνα με επικεφαλής τον πρόξενο Λάμπρο Κορομηλά.

Με τη σημερινή του μορφή το Μουσείο Μακεδονικού Αγώνα σχεδιάστηκε το 1989 από τον σκηνογράφο Γιώργο Ανεμογιάννη. Το ισόγειο φιλοξενεί φωτογραφικό υλικό σε μεγέθυνση (μέρος της εντυπωσιακής συλλογής του Μουσείου), χάρτες, ιστορικά έγγραφα, μικρά διοράματα, ποικιλία οπλισμού και στολών καθώς και προσωπικά αντικείμενα Μακεδονομάχων. Το υλικό παρουσιάζεται σε χρονολογική σειρά σε έξι αίθουσες και καλύπτει την περίοδο 1870-1912. Σε μια από αυτές αναπαρίσταται το γραφείο του Γενικού Προξένου Λάμπρου Κορομηλά, ενώ σε μια άλλη λειτουργεί βάση δεδομένων με την τεχνική των πολυμέσων για χρήση των επισκεπτών, η οποία περιλαμβάνει στοιχεία και τεκμήρια για 4,500 Μακεδονομάχους. Στο υπόγειο παρουσιάζοναι τέσσερα διοράματα σε φυσικό μέγεθος με σκηνές του Αγώνα. Στον πρώτο όροφο, στην αίθουσα διαλέξεων φιλοξενείται μέρος της συλλογής μοντέλων των οπλικών συστημάτων του ελληνικού στρατού του Α. Χαΐτογλου.

Το Μουσείο διοργανώνει ή φιλοξενεί σχεδόν κάθε χρόνο περιοδικές εκθέσεις ιστορικών ντοκουμέντων. Ξεναγήσεις προσφέρονται καθημερινά δωρεάν κατόπιν προσυνεννόησης.

Το Μουσείο παρέχει ευκαιρίες για όλες τις βαθμίδες της εκπαίδευσης. Κάθε Παρασκευή κατά τη διάρκεια της σχολικής χρονιάς ομάδα εθελοντριών οργανώνει εκπαιδευτικό παιχνίδι με γενικό θέμα το Μακεδονικό Αγώνα. Επίσης, διοργανώνονται ετησίως εκπαιδευτικές εκδρομές παραμεθορίων σχολείων στη Θεσσαλονίκη καθώς και σχολικοί διαγωνισμοί γνώσεων. Σε συνεργασία με άλλους φορείς οργανώνονται σεμινάρια μουσειακής και ιστορικής αγωγής για εκπαιδευτικούς της δημοτικής και της μέσης εκπαίδευσης.Προβάλλονται ταινίες και ιστορικά ντοκυμαντέρ.