Το βενετσιάνικο κτίριο του Ιδρύματος, ιστορικό διατηρητέο μνημείο του 17ου αι., προσφέρει τον ιδεώδη χώρο για την παρουσίαση των συλλογών του ενώ παράλληλα η λειτουργία του Μουσείου συμβάλλει στην προστασία του μνημείου. Οι εκθεσιακοί χώροι του Μουσείου (μόνιμη έκθεση) εκτείνονται σε πέντε (5) αίθουσες και περιλαμβάνουν κυρίως αντικείμενα της παραδοσιακής χειροτεχνίας και λαϊκής τέχνης. Στόχος του Ιστορικού - Λαογραφικού Μουσείου Ρεθύμνης είναι να εξελιχθεί σε ένα σύγχρονο ερευνητικό και εκπαιδευτικό κέντρο για τη διάσωση του Λαϊκού πολιτισμού της Κρήτης ενώ με διεθνή συνεργασία θα αναζητήσει και θα προβάλει τις κοινές αξίες των λαών που αποτελούν πανανθρώπινη κληρονομιά.

Στην αίθουσα Ι τα υφαντά που εκτίθενται χρονολογούνται από τον 19ο και 20ο αι. Είναι υφασμένα με λινάρι, βαμβάκι, μαλλί και μετάξι, ανήκουν σε διάφορες περιοχές της Κρήτης και παρουσιάζουν μεγάλη ποικιλία στην τεχνική και τα χρώματα. Στις προθήκες διακρίνονται κιλίμια, πατανίες, χιράμια, βούργιες, πετσέτες, τραπεζομάντηλα και κρεββατόγυροι.

Στην αίθουσα ΙΙ εκτίθενται αντικείμενα κεντητικής και κλώστινων συνθέσεων - δαντέλες. Δύο κεντημένοι ποδόγυροι του 17ου και 18ου αι. είναι χαρακτηριστικοί της υψηλής κεντητικής τέχνης στην Κρήτη αυτή την εποχή, βυζαντινής παράδοσης. Στην νεώτερη κεντητική του 20ου αι. παρουσιάζεται το έργο της Ρεθεμνιώτισσας Χρυσής Αγγελιδάκη και η προσπάθειά της να περάσει το ρεθεμνιώτικο υφαντό στο κέντημα και ιδιαίτερα τα σχέδια που γνώριζε από κιλίμια. Οι δαντέλες έχουν μακραίωνη παράδοση στην Κρήτη. Οι τρόποι και οι τεχνικές για τη διαπλοκή και την πλέξη της κλωστής, διαφυλάχτηκαν έως τις μέρες μας και παρουσιάζονται κατά τεχνικές. Ακόμη στην αίθουσα ΙΙ εκτίθενται δείγματα της ασπρορουχικής που συνόδευε την αστική προίκα στα τέλη του 19ου και στις αρχές του 20ού αι.

Στην αίθουσα ΙΙΙ εκτίθενται αντικείμενα καλαθοπλεκτικής και κεραμικής καθώς και οι τρόποι και τα εργαλεία κατασκευής τους. Η τέχνη της καλαθοπλεκτικής είναι από τους παλαιότερους κλάδους της χειροτεχνίας. Η πλούσια φύση της Κρήτης έδωσε ποικίλα υλικά, όπως καλέμι, αγρελιά, ιτιά, το στέλεχος από το στάρι (ράπα) κ.ά. για να δημιουργήσουν οι τεχνίτες με λιγοστά εργαλεία διάφορα μεγέθη και σχήματα καλαθιών προσαρμοσμένα στις καθημερινές ανάγκες των κατοίκων του νησιού. Η τεχνική ποικίλλει στα διάφορα είδη καλαθιών και σε περιοχές της Κρήτης. Στο Νομό Ρεθύμνης γνωστά κέντρα αγγειοπλαστικής υπήρξαν η Καρωτή και οι Μαργαρίτες. Αναπαραστάσεις του παραδοσιακού ποδοκίνητου "τροχού", όπου ο αγγειοπλάστης κατασκευάζει μικρά αγγεία, πιθάρια και άλλα μεγάλα αγγεία, πληροφορούν τον επισκέπτη για την τέχνη αυτή που κράτησε μια σταθερή πορεία από την Μινωϊκή Εποχή μέχρι σήμερα. Εκτίθενται μικρά και μεγάλα αγγεία, χωρισμένα σε ενότητες. Αγγεία για το νερό, για το κρασί και τη ρακή, ειδικά αγγεία για την τροφή, για το λάδι, για την κτηνοτροφία και διάφορες άλλες χρήσεις. Ιδιαίτερη ενότητα αποτελούν τα κεραμικά είδη που χρησιμοποιούσαν στη μελισσοκομία.

Η αίθουσα ΙV είναι αφιερωμένη στις παραδοσιακές καλλιέργειες και το Ρεθεμνιώτικο παραδοσιακό "Ψωμί". Εκεί είναι συγκεντρωμένα τα παραδοσιακά εργαλεία της καλλιέργειας και της συγκομιδής των δημητριακών καρπών, τα εργαλεία για το άλεσμα του καρπού και για το ζύμωμα και το φούρνισμα του ψωμιού. Τέλος, στην αίθουσα V παρουσιάζονται τα παραδοσιακά επαγγέλματα του χαλκουργού, του σαμαροποιού, του πεταλωτή και του μαχαιροποιού.

Το Μουσείο διαθέτει ακόμη αίθουσα για εκπαιδευτικά προγράμματα, διαλέξεις, πολιτιστικές εκδηλώσεις, εξοπλισμένη με σύγχρονα οπτικοακουστικά μέσα. Εκεί λειτουργεί σήμερα έκθεση αστικής λαογραφίας με θέμα "Το Ρέθυμνο από το 1898 έως το 1913. Από την Κρητική Πολιτεία στην Ένωση", στην οποία παρουσιάζεται η πολιτική, κοινωνική και οικονομική ζωή της πόλης την περίοδο αυτή. Στις δραστηριότητες του Μουσείου περιλαμβάνονται εκπαιδευτικά μαθήματα για σχολικές ομάδες, εκθέσεις, διαλέξεις και εκδόσεις.