Το αρχαιολογικό Μουσείο Κομοτηνής εγκαινιάστηκε το 1976. Οι εκθέσεις του καλύπτουν το χρονικό διάστημα από τη Νεολιθική μέχρι τη Βυζαντινή περίοδο. Η παρουσίαση των εκθεμάτων γίνεται με χρονολογική ακολουθία, χωρίς όμως τη διάσπαση των κατά τόπους ανασκαφικών συνόλων. Στόχος της έκθεσης ήταν να παρουσιαστούν επιλεγμένα και αντιπροσωπευτικά ευρήματα από τους σημαντικότερους αρχαιολογικούς χώρους, τα οποία μπρούν να προσφέρουν στον επισκέπτη όλες τις απαραίτητες πληροφορίες για την προϊστορία και την ιστορία της Θράκης του Αιγαίου. Όλα τα εκθέματα αποκαλύπτουν την σημασία της παρουσίας των Ελλήνων στο βόρειο Αιγαίο και τη δημιουργική πορεία της ελληνικής τέχνης και του ελληνικού πολιτισμού σε μια απομακρυσμένη κατά την αρχαιότητα περιοχή του βορρά. Το πιο εντυπωσιακό έκθεμα, αναμφισβήτητα, είναι η χρυσή προτομή του Σεπτιμίου Σεβήρου (193-211 μ.Χ.) την οποία κρατούσαν στερεωμένη σε κοντάρι οι imaginiferi του ρωμαϊκού στρατού.

Το κτήριο του Μουσείου είναι έργο του αρχιτέκτονα Άρη Κωνσταντινίδη και θεωρείται ως προς την αρχιτεκτονική του μορφή το πιο εντυπωσιακό από τα σύγχρονα κτήρια της πόλης. Χαρακτηριστικά στοιχεία του είναι η γεωμετρική διάρθρωση των όγκων και των επιφανειών του, οι ανισοϋψείς στέγες με φεγγίτες και παράθυρα, τα αίθρια, τα εσωτερικά και εξωτερικά υπόστεγα, τα παράθυρα με τους χωριστούς φεγγίτες, τα ξύλινα κουφώματα με τις μεταλλικές περσίδες, οι οροφές με τα εμφανή αποτυπώματα των ξυλοτύπων και το χαμηλό τοιχίο-φράχτης που περιβάλλει τον κήπο με τα πεύκα.

Η κυρίως έκθεση του Μουσείου περιλαμβάνει αντικείμενα από προϊστορικές θέσεις (Νεολιθικές και εποχής Σιδήρου), από ελληνικές αποικίες, ιερά, ρωμαϊκούς οικισμούς και νεκροταφεία.

.