Η Αρχαιολογική Συλλογή της Ελάτειας περιλαμβάνει ευρήματα της δυτικής Λοκρίδας - κατά την αρχαιότητα βορειοανατολική Φωκίδα - στην οποία ανήκαν στην περιοχή του Κηφισού δεκατρείς πόλεις, ο Ερωχός, η Χαράδρα, η Λιλαία, το Τεθρώνιον, η Δρυμαία, η Αμφίκλεια, οι Τριτείς, οι Πεδιείς, ο Νεώνας, η Τιθορέα, η Ελάτεια, ο Λέδων και οι Παραποτάμιοι. Ανατολικά στα σύνορα με την Οπουντία Λοκρίδα υπήρχαν η Υάμπολις και οι Αβές, ενώ στα σύνορα με την Βοιωτία η Δαύλεια, ο Πανοπεύς και η Άμβροσσος. Από όλες τις πόλεις της Φωκίδας, η Ελάτεια φαίνεται να έπαιξε διαχρονικά κυρίαρχο ρόλο, λόγω της γεωγραφικής θέσης μεταξύ της βόρειας και νότιας Ελλάδας και του ελέγχου που ασκούσε στον οδικό άξονα Θερμοπυλών - Χαιρώνειας. Λιγοστά είναι τα στοιχεία που διαθέτουμε για την γεωμετρική και αρχαϊκή περίοδο, ενώ η ακμή της πόλης τοποθετείται κατά τους ελληνιστικούς και ρωμαϊκούς χρόνους.

Στον προθάλαμο της Συλλογής εκτίθενται επιτύμβιες στήλες, επιγραφές, τμήματα γλυπτών και αρχιτεκτονικά μέλη, τα οποία προέρχονται κυρίως από την Ελάτεια και το Ιερό της Αθηνάς Κραναίας. Η μεγάλη αίθουσα περιλαμβάνει ευρήματα που κλιμακώνονται χρονολογικά από την Ανώτερη Παλαιολιθική έως και την Υπομυκηναϊκή περίοδο και τα οποία προέρχονται από διάφορες θέσεις της δυτικής Λοκρίδας. Στόχος της παρουσίασης είναι η άμεση επαφή του επισκέπτη με τα αντικείμενα ενταγμένα στο λειτουργικό τους χώρο, σκεύη, εργαλεία, ειδώλια, κοσμήματα. Στην αίθουσα αναπαρίσταται τμήμα κάτοψης νεολιθικού σπιτιού και κάτοψη μυκηναϊκού θαλαμωτού τάφου με ανθρώπινο σκελετικό υλικό και κτερίσματα από τις ανασκαφές των νεκροταφείων στην περιοχή. Ιδιαίτερο ενδιαφέρον παρουσιάζουν τα τετραποδικά αγγεία από την Ελάτεια, ζεύγος χάλκινων εγχειριδίων από την Αγία Μαρίνα, νεολιθικής εποχής, πρωτοελλαδική πρόχους από την Αγία Μαρίνα και ένα κλειστό αγγείο με αμαυρόχρωμη διακόσμηση, το οποίο τοποθετήθηκε ως σήμα στον μεσοελλαδικό τύμβο της Ελάτειας. Η κεντρική αίθουσα περιλαμβάνει ευρήματα ιστορικών χρόνων. Προθήκη Ι περιλαμβάνει χειροποίητα και τροχήλατα αγγεία, χάλκινα κοσμήματα της πρώιμης εποχής του Σιδήρου από νεκροταφεία της Ελάτειας, της Παναγίτσας και του Μοδίου. Προθήκη ΙΙ και ΙΙΙ περιέχουν αντιπροσωπευτική κεραμική αρχαϊκής και κλασικής περιόδου, κυρίως βοιωτικής παραγωγής, τα οποία προέρχονται από τα νεκροταφεία των Αβών, της Ελάτειας και της Παναγίτσας. Προθήκη IV αντιπροσωπευτικοί τύποι πήλινων ειδωλίων αρχαϊκών έως και των ελληνιστικών χρόνων, κυρίως βοιωτικής παραγωγής, από τα νεκροταφεία των Αβών. Προθήκη V ευρήματα από τις παλιές και νέες ανασκαφές στο Ιερό της Αθηνάς Κραναίας, όπως πήλινες σίμες, ακροκέραμα, σιδερένια και χάλκινα αναθήματα, τμήματα μαρμάρινων αγαλματιδίων. Προθήκη VI πήλινες γυναικείες προτομές και θεατρικές μάσκες από τα νεκροταφεία των Αβών, της Ελάτειας και της Τιθορέας. Προθήκη VII αντιπροσωπευτική κεραμική ελληνιστικής και ρωμαϊκής εποχής από διάφορες θέσεις της δυτικής Λοκρίδας, κυρίως από τα νεκροταφεία των Αβών και της Ελάτειας. Ξεχωρίζει αρυβαλλοειδές ληκύθιο με παράσταση Έρωτα και Αφροδίτης. Στην αίθουσα αναπαρίσταται πρωτογεωμετρικός πίθος και πώρινη λάρνακα κλασικών χρόνων με τους νεκρούς και τα κτερίσματα ενταγμένα στο ταφικό τους περιβάλλον ενώ εκτίθενται ελεύθερα στο χώρο πήλινα αρχιτεκτονικά μέλη διαφόρων χρονικών περιόδων από τα Ιερά της Αθηνάς Κραναίας στην Ελάτεια και του Απόλλωνος στο Καλαπόδι.