Το Μουσείο της Πέλλας βρίσκεται στις νοτιοανατολικές υπώρειες του λόφου του ανακτόρου, στο βορειοανατολικό τμήμα του επισκέψιμου αρχαιολογικού χώρου, σε άμεση γειτνίαση με το σύγχρονο οικισμό ανατολικά. Αποτελεί τη φυσική κατάληξη του επισκέπτη του αρχαιολογικού χώρου, όπου αυτός έχει τη δυνατότητα να ανασυνθέσει τα αρχαιολογικά στοιχεία που του παρείχαν τα μνημεία κατά την περιήγησή του και να κατανοήσει τις ποικίλες πτυχές της καθημερινής, αλλά και της δημόσιας ζωής της μακεδονικής πρωτεύουσας. Γι' αυτό και οι θεματικές ενότητες της έκθεσης εναρμονίζονται με τους ανασκαφικούς τομείς του χώρου, χωρίς να είναι αποκομμένες η μια από την άλλη. Καθώς είναι χωροθετημένες σε διαφορετικά επίπεδα, που αντιστοιχούν στο εδαφικό ανάγλυφο του χώρου, εξασφαλίζεται η συνεχής οπτική επαφή του επισκέπτη με όλες σχεδόν τις θεματικές ενότητες, αλλά και τον ίδιο τον αρχαιολογικό χώρο, μέσω των ανοιγμάτων-παραθύρων του κτιρίου. Το ορθογώνιο αίθριο του κτιρίου αποτελεί αναφορά στην κεντρική περίστυλη αυλή των οικιών της Πέλλας.

Στην ενότητα της ενημέρωσης παρέχονται στον επισκέπτη μέσα από κείμενα, φωτογραφίες και χάρτες τα απαραίτητα στοιχεία για την γνωριμία του με την Πέλλα: τη γεωμορφολογική εξέλιξη της περιοχής, τον αρχαιολογικό χώρο και τα μνημεία του, τις ενεπίγραφες κεραμίδες με το όνομα ΠΕΛΛΗΣ που οδήγησαν στην ταύτισή της, καθώς και επιλεγμένα νομίσματα από τις ανασκαφές διαφόρων χώρων, κοπές μακεδόνων βασιλέων (από τον Αλέξανδρο Α' ως τον Περσέα), αλλά και των χρόνων μετά τη ρωμαϊκή κατάκτηση του 168 π.Χ.

Η κατασκευή του κτιρίου του μουσείου και η οργάνωση της έκθεσης υλοποιήθηκαν στο πλαίσιο του Γ' ΚΠΣ (2006-2009, ΥΠΠΟ-ΔΕΕΜ-ΙΖ ΕΠΚΑ).