Η μόνιμη έκθεση αναπτύσσεται σε δύο αίθουσες όμοιας κάτοψης στους δύο ορόφους του κτηρίου. Στην αίθουσα του πρώτου ορόφου παρουσιάζονται τα ευρήματα των προϊστορικών χρόνων ενώ στην αίθουσα του δεύτερου ορόφου τα ευρήματα των ιστορικών χρόνων.

Η αφήγηση στον πρώτο όροφο ξεκινά με την παρουσίαση ενός συμπλέγματος παλαιολιθικών εστιών από τις βραχοσκεπές στο φαράγγι της Κλεισούρας στην Πρόσυμνα (32000-21000 π.Χ.). Ευρήματα του σπηλαίου Φράγχθι στην Ερμιονίδα τεκμηριώνουν τη μετάβαση από τη θηρευτική στην παραγωγική οικονομία. Εκτίθενται λίθινα και οστέινα εργαλεία, υπολείμματα της διατροφής των κατοίκων του σπηλαίου, όπως όστρεα και οστά ζώων και ψαριών, κοσμήματα από όστρεο, οστό και λίθο, αλλά και τα πρώτα χειροποίητα νεολιθικά αγγεία από πηλό, καθώς και μια αντιπροσωπευτική σειρά πήλινων ανθρωπόμορφων και ζωόμορφων ειδωλίων.

Ακολουθεί η παρουσίαση του πρωτοελλαδικού πολιτισμού μέσα από τα ευρήματα σημαντικών κέντρων όπως η Τίρυνθα, η Ασίνη και το Μπερμπάτι αλλά και άλλων λιγότερο γνωστών στην έρευνα οικισμών, όπως αυτός της Παλαιάς Επιδαύρου.

Στη συνέχεια παρουσιάζεται ο μεσοελλαδικός οικισμός της Ασίνης. Αγγεία και άλλα τέχνεργα από τον οικισμό και τους τάφους, καλύπτουν ολόκληρο το χρονολογικό φάσμα της Μεσοελλαδικής εποχής (2100-1600 π.Χ.).

Η ενότητα συμπληρώνεται με ταφές του 17ου-16ου αι. π.Χ. από την Πρόνοια Ναυπλίου, τη Μιδέα και την Τίρυνθα, και ολοκληρώνεται με την αναπαράσταση ενός λακκοειδούς τάφου από το μεσοελλαδικό νεκροταφείο στο Μπερμπάτι (λόφος Μαστού).

Η δομή της μυκηναϊκής ανακτορικής εξουσίας και διοίκησης σκιαγραφείται μέσα από τα ευρήματα των δύο μεγάλων μυκηναϊκών κέντρων, της Τίρυνθας και της Μιδέας, αλλά και από τον μυκηναϊκό οικισμό της Ασίνης.

Ακολουθούν τα νεκροταφεία θαλαμωτών τάφων της Ευαγγελίστριας Ναυπλίου, της Ασίνης, των Δενδρών, της Παλαιάς Επιδαύρου καθώς και ο θολωτός τάφος της Καζάρμας.

Σε ξεχωριστή προθήκη παρουσιάζεται το θέμα του πολέμου και του κυνηγιού που αποτελούσαν μέσο επίδειξης δύναμης και γοήτρου της μυκηναϊκής άρχουσας τάξης.

Στην αίθουσα του δεύτερου ορόφου η παρουσίαση ξεκινά με τα υλικά κατάλοιπα της Εποχής του Σιδήρου. Τα εκθέματα, κυρίως κεραμική, αφενός καταδεικνύουν τη συνέχεια και αφετέρου παρουσιάζουν τους νεωτερισμούς της Πρωτογεωμετρικής περιόδου.

Η Γεωμετρική εποχή σκιαγραφείται μέσα από τα ευρήματα των τάφων της Πρόνοιας Ναυπλίου, της Τίρυνθας, της Ασίνης και του Μπερμπατίου.

Οι λατρείες της αρχαϊκής εποχής παρουσιάζονται κυρίως μέσα από τα ευρήματα της Τίρυνθας.

Ακολουθεί η ενότητα των αρχαίων πόλεων της Επιδαύρου, της Ερμιόνης, των Αλιέων, καθώς και η αρχαία Ασίνη.

Η περιήγηση ολοκληρώνεται με την παρουσίαση μιας αγροικίας του 6ου αι. μ.Χ. στο Πύργουθι, στην κοιλάδα του Μπερμπατίου.

Σε ξεχωριστή ενότητα εκτίθενται οι Συλλογές του Μουσείου. Παρουσιάζονται αττικά, βοιωτικά και κορινθιακά αγγεία και ειδώλια που προέρχονται από τις Συλλογές των φιλάρχαιων δωρητών Γλυμενοπούλου, Ποταμιάνου, Αρχιεπισκόπου Νικάνδρου και Θερμογιάννη.