Στο Μουσείο Μεγάρων εκτίθενται αντικείμενα που προέρχονται από τις σωστικές ανασκαφές της Γ΄ Εφορείας Προϊστορικών και Κλασικών Αρχαιοτήτων στην πόλη των Μεγάρων και την ευρύτερη περιοχή. Τα ευρήματα καλύπτουν τη χρονική περίοδο από τον 8ο αι. π.Χ. μέχρι και τον 2ο αι. μ.Χ. Σκοπός της ίδρυσής του ήταν να στεγαστούν μερικά από τα ευρήματα της Αρχαιολογικής Συλλογής Μεγάρων και να αποτελέσει ένα μικρό πνεύμονα πολιτισμού στις παρυφές της δυτικής Αττικής.

Η έκθεση στεγάζεται στο παλιό Δημαρχιακό Μέγαρο, κτίσμα του 19ου αι. Πρόκειται για ένα διώροφο κτήριο με τέσσερις εκθεσιακούς χώρους.

Στο ισόγειο του κτηρίου παρουσιάζονται τα μαρμάρινα ευρήματα. Μνημειακά γλυπτά και αναθηματικά ανάγλυφα εκτίθενται στην αίθουσα Α, πλαισιωμένα από πληροφορίες που προέρχονται από την ανασκαφική έρευνα και τις φιλολογικές πηγές για τη μνημειακή γλυπτική και τα ανάγλυφα των Μεγάρων από την Αρχαϊκή έως και τη Ρωμαϊκή Εποχή. Επίσης παρουσιάζεται σε σχεδιαστική αναπαράσταση η Νίκη των Μεγάρων, αντίγραφο από γκραβούρα του 1847.

Στην αίθουσα Β εκτίθενται επιγραφές, που παρέχουν πληροφορίες για τη δημόσια ζωή της Κλασικής κυρίως Εποχής και επιτύμβιες στήλες της Κλασικής, Ελληνιστικής και Ρωμαϊκής περιόδου. Πλαισιώνονται από σχετικά κείμενα και φωτογραφίες.

Στην αίθουσα Γ του ορόφου εκτίθενται αντικείμενα επιλεγμένα από ταφικά σύνολα που χρονολογούνται από τον 8ο αι. έως τον 1ο αι. π.Χ. Πλαισιώνονται από εποπτικό υλικό, φωτογραφίες, σχέδια και κείμενα, σχετικά με τη θέση των αρχαίων νεκροταφείων στην τοπογραφία της σύγχρονης και αρχαίας πόλης και τα ταφικά έθιμα.

Στην αίθουσα Δ παρουσιάζονται αντικείμενα που σχετίζονται με την καθημερινή ζωή στην αρχαιότητα, κυρίως πήλινα και χάλκινα. Ιδιαίτερο ενδιαφέρον παρουσιάζει ο αποθέτης ενός αρχαϊκού ιερού στη Θέση Μπούρι στο Αλεποχώρι. Από τα πολυάριθμα ευρήματα του ιερού εκτίθενται ελάχιστα αντιπροσωπευτικά δείγματα της λατρείας και του τοπικού κεραμικού εργαστηρίου, του οποίου αποτελούν προϊόντα. Μια ευσύνοπτη παρουσίαση της ανασκαφής γίνεται με τη βοήθεια εποπτικού υλικού που πλαισιώνει την προθήκη με τα εκθέματα του ιερού.

Στον αύλειο χώρο του μουσείου εκτίθενται επιγραφές, βάθρα αγαλμάτων και αρχιτεκτονικά μέλη διαφόρων περιόδων.