Στεγάζει ευρήματα από τη βόρεια Ιθάκη που χρονολογούνται από την πρωτοελλαδική ως και τη ρωμαϊκή περίοδο.

Από τα σημεντικότερα εκθέματα του Μουσείου είναι:

- Τμήματα από μεγάλους χάλκινους τρίποδες από το Σπήλαιο της Πόλης, 9ος - 8ος αιώνας π.Χ.

- Πήλινο πινάκιο με παράσταση πετεινού από το Σπήλαιο της Πόλης, 7ος αιώνας π.Χ.

- Θραύσματα πήλινης μάσκας του 1ου ή 2ου αιώνα μ.Χ. που φέρει εγχάρακτη την επιγραφή ΕΥΧΗΝ ΟΔΥΣΣΕΙ.

- Ανάγλυφο με παράσταση Νυμφών που χορεύουν από το Σπήλαιο της Πόλης. Ελληνιστική περίοδος.